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本系所之設立旨在培育動物科學專業科技人才，並配合國家經濟發展及國際趨勢。整合科技理論與動物產業應用，並著重實務操作之訓練，以提升學習者在動物產業的智能與實作能力。

專任教師均具備博士學位，提供運動傷害防護、體適能指導與運動科學研究之專業課程，教學內容涵蓋基礎與臨床醫學，著重理論與實務相輔相成，培育學生多元適性的發展。運動醫學系專業教室、體適能檢測中心、體適能健康中心與各專業領域實驗室的設備完善，提供學生實際操作與演練技術的場所。第四學年的實習課程讓學生在專業場域實際應用所學，強化就業競爭力。系友在各領域表現傑出，備受肯定，升學管道多元。

本系專業課程主要以經濟動物產業發展趨勢與科技發展為主軸，規劃四大學程模組課程。包含動物解剖生理、動物營養、遺傳育種、飼養管理、動物產品加工、動物行為與福祉等，並依科技趨勢與社會需求彈性調整課程。

運動能增進個人身體素質，進而影響到整個社會人民的生活品質。運動醫學是以現代醫學知識結合運動這項技能，應用於運動傷害防護、體適能指導、科學化訓練、運動器材設計與慢性病的預防與輔助治療等領域。對於運動員、健身者、老人族群與慢性病患者的傷害防護與健康保健，提供專業諮詢、處置與指導。

本系注重理論與實務結合，及團隊合作精神，高中學生在校時應注重實習課程操作，並可組成讀書會或研究小組，訓練團隊合作精神。

著重語文、自然科學及健康與體育領域相關科目的學習，了解課程概念、推導邏輯，整合及延展關聯性，去體現出修習學科領域的連結性能力。

系為早期之畜產學系，學習課程以經濟動物的日常照護為基礎，規劃五大領域課程，包含動物生理基礎領域、動物營養與飼養領域、動物遺傳育種領域、動物產品利用領域及經營管理與休閒領域，以培育學生具備有動物繁殖與生物技術、飼養經營管理之實務經驗與專業技能及畜產品加工技術，從牧場到餐桌之過程都可參與學習，舉凡與動物相關之生活所有層面，皆可歸納於動物科學系，尤其特別著重實務操作之訓練，增進未來台灣動物產業能力。

運動醫學系與物理治療系，雖然都以健康照護為宗旨，但是在服務對象與照護方式有所不同。物理治療主要針對骨科、神經、小兒、心肺四大領域的病人，提供罹病後的照護工作。運動醫學系對於身體功能的提升、慢性病預防以及健康促進上，有其重要的角色。此外，運動傷害防護員的工作以預防性貼紮、緊急處理及運動訓練規劃為主，這些不是物理治療系主要的學習範疇。

擔任經濟動物飼育專業人員的確可以讓動物科學系學生發揮所長，但本系學生在學期間會接受遺傳育種、營養、生理、農場經營管理及動物產品加工等相關專業知識與實務操作技術，因此就業管道包含：公務機關、私人及財團法人機構、研究單位等，若有修習教育學程，通過考試甄選後也有機會擔任教職人員。

1. 運動傷害防護員的職缺多嗎？體育署已在高中體育班配置有運動傷害防護員。此外職業或是業餘球隊及訓練中心也是本系學生工作的場所。
2. 體適能指導員只是健身教練？體適能指導員能藉由醫學相關檢測，評估身體健康及適能狀況，開立專屬的運動處方，是一種全面性的健康照護工作。

外界常以為動物科學系就是雞、豬、牛等動物飼養的勞力工作，此觀念已不符現今動物產業的生產模式。現代化經濟動物產業高度自動化。仰賴勞力部分極少，生產規模、產值都不可同日而語，畜牧業薪資待遇較一般大學畢業生為高，舉凡營養、繁殖、飼料製造、產品行銷等從業人員的專業能力，均亟需具備動物專業知識與技能的人才。

1. 是否運動能力方面要很強？本系不是養成運動員的中心！只要對於運動有興趣，對人具關懷精神，就是本系想要培育的人才。
2. 立志要當運動傷害防護員，可以少修一些與此無關的課程嗎？必修課程是一定要的，選修課程至少要選本系4門選修課，其餘的選修學分可以依自己的興趣至本校其他學系或是中山大學修習。

本系在專業課程設計理念著重在培養學生動物科技專業知能與實作技術能力。另外本系擁有一規模完善的動物試驗場，所以利用本系動物試驗場提供之相關設施，能充分配合系上課程教學實習及老師們的計畫研究。使學生能有機會進行理論與實務結合之驗證，這一向是系一貫的教學核心與特色。

本系隸屬於醫學院，在培育專業上，課程有許多是英文教材，尤其是許多專有名詞無法適切的翻譯成中文，所以英文閱讀能力是很重要的要求。