本系座落於國內園藝產業重心的雲嘉南平原，具發展園藝產業的地理優勢，教學研究除配合國內外園藝產業之發展脈動，亦肩負雲嘉南平原地區園藝產業發展之重責，人才培育以園藝產業、育種、園產品處理、生物技術、都市農業、有機農業、造園景觀及植栽維護人才為目標，學生須參加校外實習與完成實務專題研究，並鼓勵師生到業界實習或與國外短期交換生，以配合未來農業發展與社會需求。

本系以培育具實務經驗之優秀植物醫學科技人才為目標，除核心基礎課程外，尚致力於培養學生田間植物疫病蟲害與營養診治之實務經驗。畢業生可經國家考試就業於政府之農業相關機構，亦或私人企業從事各類生物或化學藥劑等植物醫學資源之開發與利用，或可自行創業擔任農藥從業人員；又或至相關領域之研究所繼續深造。

園藝包括果樹、蔬菜和花卉植物的栽培、育種、繁殖及生產經營，以及造園景觀、園產品處理及園產品加工。

「植物醫學系」意旨本系所涉及之學科與「植物保護」領域息息相關；因此探討植物本身之學科如普通植物、植物生理、植物病理與病原學等皆為必修課程，而其他可能與植物生長發育相關聯者如經濟昆蟲、土壤養分等學科亦為本系同學需具備之基礎知識。除理論外，本系亦有植物病蟲害診斷等課程，以此訓練同學們之田間實務判斷能力。

朝向取得園藝丙級證照、景觀造園丙級證照、園藝相關研習活動等來強化能力。此外，與國際接軌，拓展視野，園藝市場朝向國際化需要具備英文聴說讀寫能力。

因本系性質關係，同學們可利用課餘時間至田間多瞭解目前台灣農業之現況，或多閱讀相關之植物醫師、防檢疫與外來種等相關新聞與課外讀物；並可參照必選修課目冊內之學科，預先瞭解本系四年所需修習之課程。

協助學生自我認知與定位，適才適性地開發潛能並落實專業知能之建構、紮根及深耕，進而善盡社會責任與國際產業接軌，乃是本系的教育理念，同時配合國家重點發展政策推展農村再生與地方創生。

「植物病理學系」以植物病理為主軸，探討作物病原、微生物與病害綜合防治；「昆蟲學系」則以昆蟲為核心，研究其構造與生理機制等基礎學科及與其相關之應用；「植物病理與微生物學系」之研究主要涵蓋植物病理與微生物兩方面。本系囊括之範圍較廣，除上述之植物病理、昆蟲與微生物外，尚包含土壤及作物營養診斷等學科。

園藝不是當農夫，是在農業領域擔任領導人才，解決產業從上游育種、種苗生產、栽培管理、採後處理加工及市場行銷的中高等人才培育，是綠色產業的推手與經營管理者。

事實上，本系具有扎實的微生物及昆蟲相關技術的操作訓練及理論課程，畢業後出路寬廣，舉凡生命科學領域的研究、教育和管理工作，皆可勝任；此外大學教育著重在人的素養養成，本系同學跨領域就業者眾，也多有良好發展。

本系與農藝系最大的不同，偏重在經濟作物的精緻栽培，以果樹、蔬菜、花卉發展精緻農業，且發展造園景觀的環境園藝事業美化環境和人生的三生產業。

有些人會誤解植物醫學系雖然是農學院裡的科系，但大學僅有象牙塔中的理論課程，無法提供實務經驗的累積。
事實上，植物醫學系安排了各種實驗課及實習課程，需要學生動手操作，並養成仔細觀察的習慣及解決問題的方法；大四起，開設診斷及實務管理課程，學生須跟老師一齊走出學校，實際操作田間診斷及管理方法等；另畢業前，

園藝是國家經濟與文明的指標，與每個人的生活、經濟作物的生產及環境生態保育息息相關，是高度跨領域學習的一門應用植物科學。

政府近年規劃推動「植物醫師制度」，期望透過訂定植物醫師法及國家考試，選出專業、經過認證的植物醫師開立簽證、提供全方位植物健康診療服務；目前已有100位儲備植物醫師在各地農會執業，成效良好，在市場有需求情況下，植物醫師名額將逐年上升。本校植物醫學系為植醫培育之搖籃，系上教師除學術成果豐富，也多有田間實務經驗，畢業生投入植物醫師職業者也獲地方好評。歡迎有志向植物保護或植物健康管理領域鑽研者加入本系。

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