本系為五年學制，是台灣第一個成立的私立大學藥學系，以「培育學用合一，分流發展之藥學專業人才」為基石，以課程模組及教學型態分流之概念，透過多元化課程與專業領域探究，創造「學生出路」、「校院價值」、「企業取才」三贏局面，培育有藥事執業、實務能力和研究創新的藥學專業人才。本系師資陣容堅強、研究設備精進、課程規劃完善，校友在國內外各大藥廠、藥商、醫院、社區(連鎖)藥局、政府部門、教育/研究單位等表現亮眼。

以化學方法訓練學生學習研讀醫藥相關科學的系所，醫藥化學組偏重醫藥及其應用相關的化學研究，凡與藥品研發合成、生醫材料、生醫與食品檢測、生物體內的化學反應…等等，都是本系/組研究的方向。本系強調實作，研究風氣盛行，研究成果備受肯定。在2018-2022的Nature Index（自然指數）分析中，本學系在台灣之化學領域排名第5-10名，私立大學之首。

學習有關藥物的一切，從有效成分的發現、分析、製造、管理、行銷、研發和藥物在人體內的作用到病人用藥諮詢等臨床技能都涵蓋在內。

醫藥化學組偏重醫藥化學相關的化學研究，學習藥品研發合成、生醫材料與食品檢測技術、從化學分子微觀角度理解及研究各項醫學疾病治療的原因與解決之道。

記憶與綜整能力：諸多專業課程目標導向藥師高考，為汲取大量的知識內容，應強化識別、儲存多項資訊的能力，並能快速喚起零散資訊、歸納出要點的綜整能力，可平時訓練專注力、訂定時間內完成學習任務，或在讀書會進行知識統整與交流。
邏輯性與獨立思考：問題導向學習、臨床技能訓練，有一系列開放性問題討論、報告及實作演練，主動學習格外重要，可利用高中期間完成自然科學展覽作品、學習報告，積極尋求新資訊，並能獨立性地思考問題，給予具邏輯性的結論。
社會合作與服務：藥學專業實習達960小時，以期未來藥師從事藥事服務與製藥產業發展，應重視倫理、人文關懷，藉參與高中社團、幹部、志工或偏鄉活動，培養能理解他人感受、與他人互動及共事的能力。
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1. 數理課堂中了解原理並練習發問。
2. 實驗課程中仔細觀察, 思考並紀錄。

藥學系為國內目前唯一可考藥師證書的科系。其他如製藥工程系、中國藥學暨中藥資源學系、微生物免疫與生物藥學系、生物科技暨製藥技術系、醫藥化學系、藥用植物與保健學系等，皆不得考藥師執照。

本系醫藥化學組比一般大學化學系更著重於訓練學生在藥物開發與合成的專業。醫藥化學組主要是訓練學生從化學的角度觀察並思考生物化學、藥物設計、合成、作用機轉、鑑定等專業知能，旨在培育具新藥設計與合成相關專長之化學家，在學習的過程中會著重於有機合成等相關知識。
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多數人以為藥學系畢業只能當醫院或診所包藥的藥師，那只是藥師出路的一部份，有更多的藥師在藥廠、生技公司裡，不論是製藥、品管、臨床試驗、行銷，甚至總經理、CEO等都有藥師的身影，另外也能考公職成為公務人員，或受聘當政務官，如本校藥學院前院長吳秀梅轉任衛福部食藥署署長，藥學系的出路絕對比想像的還要廣!
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雖然諾貝爾做炸藥賺了很多錢，不過化學的不是只能做炸藥而已。化學是現代科學的根基，基礎打得好，可應用在各類產業。醫藥暨應用化學系非僅限醫藥相關產業，出路比一般化學系與醫藥相關科系更為寬廣，除生技製藥外，高科技產業研發（如台積電）亦可勝任。
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外界常誤以為藥學系只有學習跟藥物相關的科目，但藥學領域相當廣泛，包含西藥、中藥、香粧品、保健食品、生技相關等。除藥物知識外，醫療保健、病人照護等相關知識亦須學習，另外溝通技巧、病人衛教等社交能力也列於學習地圖中，藉以提昇藥事照顧之功能。

化學是所有科學的根基，換句話說，學化學只要基礎打得好，其實可以應用在所有的產業以及學科上。系上鼓勵學生跨領域學習、積極參與老師研究，為未來生涯累積基礎。
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1.藥學系修業五年取得「藥學士」或他校修業六年取得「臨床藥學士」，皆可考取藥師執照，取得藥師資格。
2.本系設立臨床藥學、工業藥學、創新醫藥及經營管理四個模組，同學可依興趣及未來職涯發展，加強專業學習。
3.推動5+1學、碩士政策: 學生可在第六年加強藥物科學或臨床訓練，增加研究及邏輯推演之能力，並取得「藥學碩士」或「臨床藥學碩士」。

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本系學生訓練強調實作，研究風氣盛行，研究成果備受肯定。在2018-2022的Nature Index（自然指數）分析中，本系在台灣之化學領域排名第5-10名，私立大學之首。本系成立於民國79年，並於89年及93年分別成立碩士班及博士班，迄今超過2000名畢業生，分別在學術界、生技製藥業與高科技行業中嶄露頭角。
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