本系以前瞻觀念及創新做法，培育「植物病理」與「微生物」專業人才，所提供的課程涵蓋多個面向，學生不僅能奠定紮實的學識基礎，以便繼續深造，也有機會多方探索，進入「植物醫學與健康管理」或「應用微生物學」等領域，畢業後的發展極為寬廣，系友遍佈農業部各單位以及國內外研究機構與產業界等，表現備受倚重。此外，本系也非常重視國際化發展，提供學生出國當交換學生或取得雙聯學位的機會，以助拓展國際視野。

本系以培育具實務經驗之優秀植物醫學科技人才為目標，除核心基礎課程外，尚致力於培養學生田間植物疫病蟲害與營養診治之實務經驗。畢業生可經國家考試就業於政府之農業相關機構，亦或私人企業從事各類生物或化學藥劑等植物醫學資源之開發與利用，或可自行創業擔任農藥從業人員；又或至相關領域之研究所繼續深造。

植物病理與微生物學系主要在教導學生認識微生物(包括真菌、細菌、線蟲、病毒等)、瞭解其如何危害植物、熟習植物病害診斷與防治技術，及開發微生物應用資源等。另為強化學生的基礎學識，也特別著重在分子遺傳、細胞學和生物資訊的教學。

「植物醫學系」意旨本系所涉及之學科與「植物保護」領域息息相關；因此探討植物本身之學科如普通植物、植物生理、植物病理與病原學等皆為必修課程，而其他可能與植物生長發育相關聯者如經濟昆蟲、土壤養分等學科亦為本系同學需具備之基礎知識。除理論外，本系亦有植物病蟲害診斷等課程，以此訓練同學們之田間實務判斷能力。

多多參與大學及學術研究機構相關活動、研討會或暑期可加入研究室研究行列

因本系性質關係，同學們可利用課餘時間至田間多瞭解目前台灣農業之現況，或多閱讀相關之植物醫師、防檢疫與外來種等相關新聞與課外讀物；並可參照必選修課目冊內之學科，預先瞭解本系四年所需修習之課程。

植微系涵蓋「植物病理」與「微生物」兩大領域，除了培養一般生命科學所需基礎知識，例如植物學、生物化學、遺傳學、分子生物學外，特別著重於介紹真菌、細菌、病毒及線蟲等微生物的分類及生物特性；此外，還加強教授植物病理學、植病防治學、應用微生物學，以培養同學們在「植物醫學與防檢疫」及「微生物多樣性資源與應用」的專業知能。
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「植物病理學系」以植物病理為主軸，探討作物病原、微生物與病害綜合防治；「昆蟲學系」則以昆蟲為核心，研究其構造與生理機制等基礎學科及與其相關之應用；「植物病理與微生物學系」之研究主要涵蓋植物病理與微生物兩方面。本系囊括之範圍較廣，除上述之植物病理、昆蟲與微生物外，尚包含土壤及作物營養診斷等學科。

本系課程針對「植物病理」與「微生物」兩大領域提供多元、紮實的訓練，學生的發展面向極廣，不論在農委會各級試驗研究單位、國內外學術研究機構/大學、有機農業或生物技術產業都有一展長才的機會，學生表現也相當出色。
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事實上，本系具有扎實的微生物及昆蟲相關技術的操作訓練及理論課程，畢業後出路寬廣，舉凡生命科學領域的研究、教育和管理工作，皆可勝任；此外大學教育著重在人的素養養成，本系同學跨領域就業者眾，也多有良好發展。

本系課程設計主要在協助同學認知微生物的特性、植物病原微生物的種類、植物病害診斷與防治技術、微生物資源的開發與應用等，並安排許多實驗課程，讓同學們不僅能處理植物健康問題，也學習許多微生物相關知識及實驗技能，具高度專業特色。
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有些人會誤解植物醫學系雖然是農學院裡的科系，但大學僅有象牙塔中的理論課程，無法提供實務經驗的累積。
事實上，植物醫學系安排了各種實驗課及實習課程，需要學生動手操作，並養成仔細觀察的習慣及解決問題的方法；大四起，開設診斷及實務管理課程，學生須跟老師一齊走出學校，實際操作田間診斷及管理方法等；另畢業前，

本系是國內少數以微生物為基礎，漸次延伸至植物病理、植病防治、微生物應用等領域的學系，課程設計強調學理與實驗並重，所提供的紮實訓練讓學生不論在學術研究或植物保護/微生物資源應用等領域都具備十足競爭力。
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政府近年規劃推動「植物醫師制度」，期望透過訂定植物醫師法及國家考試，選出專業、經過認證的植物醫師開立簽證、提供全方位植物健康診療服務；目前已有100位儲備植物醫師在各地農會執業，成效良好，在市場有需求情況下，植物醫師名額將逐年上升。本校植物醫學系為植醫培育之搖籃，系上教師除學術成果豐富，也多有田間實務經驗，畢業生投入植物醫師職業者也獲地方好評。歡迎有志向植物保護或植物健康管理領域鑽研者加入本系。

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