本系之教學目標為培育園藝科學研究、教學與推廣人才，以及園藝產銷企業人才。課程分群類別有作物科學群、利用學群、景觀學群等三群，旨在增加學生選課之彈性，使其符合個人興趣與職業目標，裨早日養成學生專業訓練，故每一位學生可以任選一群作為主修學群，並滿足該群之必修與必選科目規定，作為畢業學分之要求。

本系以前瞻觀念及創新做法，培育「植物病理」與「微生物」專業人才，所提供的課程涵蓋多個面向，學生不僅能奠定紮實的學識基礎，以便繼續深造，也有機會多方探索，進入「植物醫學與健康管理」或「應用微生物學」等領域，畢業後的發展極為寬廣，系友遍佈農業部各單位以及國內外研究機構與產業界等，表現備受倚重。此外，本系也非常重視國際化發展，提供學生出國當交換學生或取得雙聯學位的機會，以助拓展國際視野。

依教育部之大學園藝系課程標準，主科依作物分為果樹、蔬菜、花卉三類，分別開總論與各論、基礎課程有園藝學原理、普通植物學、普通化學、生物化學、生物統計學，園產品加工學、園產品處理學、造園學。大學部之教學目標在依學生就業及就學之需要設計課程，達到專業訓練而能學以致用。

植物病理與微生物學系主要在教導學生認識微生物(包括真菌、細菌、線蟲、病毒等)、瞭解其如何危害植物、熟習植物病害診斷與防治技術，及開發微生物應用資源等。另為強化學生的基礎學識，也特別著重在分子遺傳、細胞學和生物資訊的教學。

本系三群共同的教學目標在於培養學生自主學習的能力，透過操作演練讓學生獲得實務經驗，並從中訓練學生獨立思考與解決問題的能力，故建議高中生在學科上需均衡發展，課外之餘可以透過參加與自然、環境、藝術等相關工作坊或活動來拓展與累積多元視野及經驗。

多多參與大學及學術研究機構相關活動、研討會或暑期可加入研究室研究行列

(1)園藝和農藝的差別在於作物類型，園藝作物是以果樹、蔬菜、花卉這類作物為研究、栽培對象，並透過科學方式解決栽培上的問題，有別於探討生命現象的植物學或生命科學。
(2)園產品採後處理與利用較重視對園產品原料的瞭解，像是園藝作物的生理特性，栽培方式對品質和成分的影響等。
(3)造園景觀包含了都市與自然空間的設施營造和施作，重視自然環境生態系統及休閒遊憩使用，故有別於都市計劃或建築。

植微系涵蓋「植物病理」與「微生物」兩大領域，除了培養一般生命科學所需基礎知識，例如植物學、生物化學、遺傳學、分子生物學外，特別著重於介紹真菌、細菌、病毒及線蟲等微生物的分類及生物特性；此外，還加強教授植物病理學、植病防治學、應用微生物學，以培養同學們在「植物醫學與防檢疫」及「微生物多樣性資源與應用」的專業知能。
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臺大園藝系共分為三組，分別是利用組、作物組、景觀組，各群在公、私部門和升學上都有多元的發展，像是利用組可以往園產品採後處理、加工方向前進，作物組則是著重在作物栽培，許多畢業生投入農業試驗中心或是農業改良場，景觀組則是可以往環境綠美化、規劃設計、觀光休憩等領域邁進。

本系課程針對「植物病理」與「微生物」兩大領域提供多元、紮實的訓練，學生的發展面向極廣，不論在農委會各級試驗研究單位、國內外學術研究機構/大學、有機農業或生物技術產業都有一展長才的機會，學生表現也相當出色。
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不太熟悉園藝系的人會誤以為園藝系都在種花、養草，但其實臺大園藝暨景觀學系主要課程包含果樹、蔬菜、花卉、生技、加工、處理、造園景觀等專業知識，是少數結合科學、科技、藝術與經營管理等跨領域學系，在教學上不只重視學術訓練，也強調學理應用與實務操作。
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本系課程設計主要在協助同學認知微生物的特性、植物病原微生物的種類、植物病害診斷與防治技術、微生物資源的開發與應用等，並安排許多實驗課程，讓同學們不僅能處理植物健康問題，也學習許多微生物相關知識及實驗技能，具高度專業特色。
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選課分群類別有作物科學群、利用學群、景觀學群等三群，旨在增加學生選課之彈性，使其符合個人興趣與職業目標，裨早日養成學生專業訓練，故每一位學生可以任選一群作為主修學群，並滿足該群之必修與必選科目規定，作為畢業學分之要求。

本系是國內少數以微生物為基礎，漸次延伸至植物病理、植病防治、微生物應用等領域的學系，課程設計強調學理與實驗並重，所提供的紮實訓練讓學生不論在學術研究或植物保護/微生物資源應用等領域都具備十足競爭力。
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