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本系的教育目標為在培養國家發展不可或缺的食品科技人才，除了傳統的食品加工與研究外，也配合科技發展與現代社會之需求，強化在食品安全、健康(保健)食品、慢性病預防食品等新興項目之研究與開發。並有食品加工實習工廠，提供教學理論與實務結合，使學生能將專業知識應用於實務。

食品暨應用生物科技學系為結合理論與實務之應用學科，因此本系自成立以來，即秉持教育英才之理念，建構「食品興傳統，生技創潮流」之卓越教學與學術研究環境為宗旨。在教育目標上，以培育食品加工與工程、保健營養與食品化學及食品微生物與生物技術之人才為首要。本系在師資陣容、研究設備、研究成果及培育學生素質各方面，一直為本校農資學院中最優秀的學系之一，在國內食品相關科系中佔有舉足輕重之地位。

國立嘉義大學食品科學系：本系以食品為研究對象，透過研究實證的方法來探索解決保健生技、食品科技相關問題。食品化學、食品分析、食品微生物、食品工程、食品加工及營養學為主要範疇，讓食品法規、品評分析、食品安全、品質保證等延伸議題得以迎刃而解。

本系系名為「食品暨應用生物科技學系」，為國立中興大學歷史最悠久的學系之一，在教學及研究上共分為食品加工工程、保健營養與食品化學、食品微生物與生物技術等三大學群，分別針對其教學及研究領域開設相關課程，結合傳統食品科學與現代生物科技的應用，提供學生在食品暨應用生物科技領域全面且多元的學習。

本系採理論與實務並重原則，因此除一般課堂講授理論與實務課程，再經由實驗室實驗操作、與食品加工廠的實作實習等課程更加深入了解，佐以校外產業參訪及校外暑假專業實習等學習過程加以驗證，以期學生更加了解本系所學到的各項知識。

(1)高中學習歷程反思：具體說明學習歷程與未來就讀本系之關聯性，如：具有優異自主學習能力，且具特定領域之自我學習經驗及成果，從中思考您是否有興趣或適合就讀本系。
(2)就讀動機：具體陳述對本系了解程度與興趣，並說明您自身適合就讀本系之理由，如:您的人格特質、強項能力如何適合本系;本系學習資源/課程特色/研究領域吸引您之處。
(3)未來學習計畫與生涯規劃：說明個人在食品生技領域的潛力、未來升學或就業規劃之關聯。

國立嘉義大學食品科學系應用非常廣泛，本學生可修習專業選修學程分別為保健生技學程以及食品科技學程，以科學的方法討論食品於各種加工過程中所產生的變化，以及食品於加工或發酵的過程中營養素的保存及益生菌對宿主的功效，都是應用範圍之內，本系學生皆可依個人興趣、生涯規劃而自行選擇修習。

與本系相關科系如食品科學系、水產食品科學系、食品營養學系、食品保健系等，在課程規劃上各有異同和重點，本系課程教學及研究則包含食品加工工程、保健營養與食品化學、食品微生物與生物技術等三大領域，本系開課數量及領域更為周延完整，提供學生更完整多元的學習。

食品科學系的出路或生涯發展，常會被誤認為可以擔任營養師或是可以學習餐飲相關技能，包括中餐和西餐。然而營養師證照以及餐飲相關工作的證照取得資格並非全然可於食品科學系就學過程中達到，而只是教授部份相關的專業知識。
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本系學士班畢業生在生涯發展上目前大部分選擇繼續升學，證照考試上食品技師、乙丙級技術士為主。就業方面包含食品科技業、醫療保健、一般產業及公職等，發展方向多元，不單單侷限在傳統的食品加工產業。於升學發展上學生有多元的選擇，學生依個人之生涯規劃轉換領域進修生醫所、生物科技所、農化所等相關研究所。

一般人認為食品系的學生應該會煮中西方料理或作各式各樣的烘焙甜點，也認為食品系的學生應該考營養師等。但實際上食品科學是了解食物的基本組成及其加工後的變化、食品可能造成的危害等，以利食品量化生產、追求淨零排放以及訴求永續經營。所以學習內容，以食品相關知識是我們的學習的根本約佔70%，實作技術則為30%。

在本系課程規劃上涵蓋「食品加工工程、保健營養與食品化學、食品微生物與生物技術」三大領域，常有高中生誤以為課程著重食品加工或烘培等方面，其實本系大學部學生在學習上多元而廣泛，可提供後續生涯發展之多元選擇。

本系課程規劃主軸：食品科技學程、保健生技學程等，供學生專業領域有不同的選擇。
師資陣容：5位教授、6位副教授、3位助理教授，具備完善師資與教學設備，更有優質課程設計以培育學子們在就業與升學方面的專業知識與技能！
（另有教育學程甄選、本校扶助措施，詳情請見PDF補充說明）
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本系教育目標為「培育食品科技及生物技術領域之實務人才」。並使學生具備「食品科技及生物技術領域之專業知識及技能、了解食品科技及生物技術領域之專業實務、培養食品科技及生物技術領域之全球化視野、培養邏輯思考、溝通協調能力及團隊合作精神」之核心能力。師資陣容上具備完善的師資陣容及教學設備，提供學生在各個食品科技領域上充實的知識及技能。