本系以培育具實務經驗之優秀植物醫學科技人才為目標，除核心基礎課程外，尚致力於培養學生田間植物疫病蟲害與營養診治之實務經驗。畢業生可經國家考試就業於政府之農業相關機構，亦或私人企業從事各類生物或化學藥劑等植物醫學資源之開發與利用，或可自行創業擔任農藥從業人員；又或至相關領域之研究所繼續深造。

本系定位為發展農業生物科技，培養學生兼具生命科學和農業科學之基礎知識，使學生成為學識與實務兼備的現代農業科技人才。
本系發展著重於生物技術於農業的應用，以落實農業生物科技產業的發展。因此，本系課程著重於生物技術、作物科學、實驗動物、和應用微生物的跨領域相關知識整合，專業師資涵蓋了植物、動物、及微生物三大領域。無論是未來就業或繼續深造，本系提供學生們有更多元化的選擇。

「植物醫學系」意旨本系所涉及之學科與「植物保護」領域息息相關；因此探討植物本身之學科如普通植物、植物生理、植物病理與病原學等皆為必修課程，而其他可能與植物生長發育相關聯者如經濟昆蟲、土壤養分等學科亦為本系同學需具備之基礎知識。除理論外，本系亦有植物病蟲害診斷等課程，以此訓練同學們之田間實務判斷能力。

本系系名，農業生物科技學(系/所)，意涵在於將現代高科技之生物技術，應用於農業相關產業上。因此在課程(學科)上學生們會涉獵包括了生物技術、作物科學、實驗動物、和應用微生物等跨領域相關知識。

因本系性質關係，同學們可利用課餘時間至田間多瞭解目前台灣農業之現況，或多閱讀相關之植物醫師、防檢疫與外來種等相關新聞與課外讀物；並可參照必選修課目冊內之學科，預先瞭解本系四年所需修習之課程。

在修讀基礎學科相關知識時，除了修習其基礎知識外，建議可進一步深入探討其背後之機制與原理。因學科內容具有一定廣度、複雜度，需具備一定的資料統整、歸納和邏輯思考能力。以上能力可透過參與科學展覽、小論文等項目訓練。科學展覽可在實驗過程中，透過自己發現問題，並嘗試解決來訓練邏輯思考；小論文則是藉由撰寫過程中訓練資料統整、歸納能力。另本系授課以英文為主、中文為輔，故應提升自我英文能力，以降低學習時的壓力。

「植物病理學系」以植物病理為主軸，探討作物病原、微生物與病害綜合防治；「昆蟲學系」則以昆蟲為核心，研究其構造與生理機制等基礎學科及與其相關之應用；「植物病理與微生物學系」之研究主要涵蓋植物病理與微生物兩方面。本系囊括之範圍較廣，除上述之植物病理、昆蟲與微生物外，尚包含土壤及作物營養診斷等學科。

本系在全國大專學校中屬於特色科系。本系位於農學院與其他大專院校農學院系所在部分核心課程上有其相似處。
但本系在生物技術相關知識的訓練極為重視，也提供學生們更多元化的選擇與資訊。如生物科技、基因轉殖、基因克隆、PCR技術與檢測、生物資訊學、基因體學等科目。紮實的訓練為學生將來選擇就業或繼續升學，提供厚實的知識與實務基礎。

事實上，本系具有扎實的微生物及昆蟲相關技術的操作訓練及理論課程，畢業後出路寬廣，舉凡生命科學領域的研究、教育和管理工作，皆可勝任；此外大學教育著重在人的素養養成，本系同學跨領域就業者眾，也多有良好發展。

本系為農業生物科技學系，屬於農學院，但本系畢業生並非一定要從事農業相關行業。除農業(包括循環農業)相關產業外，舉凡生物/醫療科技相關產業、研究單位、公家單位、環境永續等產業皆為本系畢業生未來出路及生涯發展。

有些人會誤解植物醫學系雖然是農學院裡的科系，但大學僅有象牙塔中的理論課程，無法提供實務經驗的累積。
事實上，植物醫學系安排了各種實驗課及實習課程，需要學生動手操作，並養成仔細觀察的習慣及解決問題的方法；大四起，開設診斷及實務管理課程，學生須跟老師一齊走出學校，實際操作田間診斷及管理方法等；另畢業前，

本系學習內容或學習方法方面，許多課程配有實驗課及溫室實習課程。學生也許在實驗課程中覺得等待時間稍多，但實驗/實習課程為正課講解之實際印證，可增加學生們實地操作經驗，因此非常重要。等待時間亦為實驗過程中之一環，可讓學生們有時間彼此討論，而非盲目重複實驗。

政府近年規劃推動「植物醫師制度」，期望透過訂定植物醫師法及國家考試，選出專業、經過認證的植物醫師開立簽證、提供全方位植物健康診療服務；目前已有100位儲備植物醫師在各地農會執業，成效良好，在市場有需求情況下，植物醫師名額將逐年上升。本校植物醫學系為植醫培育之搖籃，系上教師除學術成果豐富，也多有田間實務經驗，畢業生投入植物醫師職業者也獲地方好評。歡迎有志向植物保護或植物健康管理領域鑽研者加入本系。

本系設備新穎，除各式精密分析儀器外(如:共軛焦顯微鏡等)，還有大型教學溫室、專業實驗動物房、及實驗室等級發酵槽，提供學生們絕佳實驗室環境。另外，本系專業師資皆具有國、內外大學博士學位，可培養學生們完備之國際觀。對於學生們無論畢業後國內升學、就業、或出國進修皆有莫大的助益。

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