本系座落於國內園藝產業重心的雲嘉南平原，具發展園藝產業的地理優勢，教學研究除配合國內外園藝產業之發展脈動，亦肩負雲嘉南平原地區園藝產業發展之重責，人才培育以園藝產業、育種、園產品處理、生物技術、都市農業、有機農業、造園景觀及植栽維護人才為目標，學生須參加校外實習與完成實務專題研究，並鼓勵師生到業界實習或與國外短期交換生，以配合未來農業發展與社會需求。

本系定位為發展農業生物科技，培養學生兼具生命科學和農業科學之基礎知識，使學生成為學識與實務兼備的現代農業科技人才。
本系發展著重於生物技術於農業的應用，以落實農業生物科技產業的發展。因此，本系課程著重於生物技術、作物科學、實驗動物、和應用微生物的跨領域相關知識整合，專業師資涵蓋了植物、動物、及微生物三大領域。無論是未來就業或繼續深造，本系提供學生們有更多元化的選擇。

園藝包括果樹、蔬菜和花卉植物的栽培、育種、繁殖及生產經營，以及造園景觀、園產品處理及園產品加工。

本系系名，農業生物科技學(系/所)，意涵在於將現代高科技之生物技術，應用於農業相關產業上。因此在課程(學科)上學生們會涉獵包括了生物技術、作物科學、實驗動物、和應用微生物等跨領域相關知識。

朝向取得園藝丙級證照、景觀造園丙級證照、園藝相關研習活動等來強化能力。此外，與國際接軌，拓展視野，園藝市場朝向國際化需要具備英文聴說讀寫能力。

在修讀基礎學科相關知識時，除了修習其基礎知識外，建議可進一步深入探討其背後之機制與原理。因學科內容具有一定廣度、複雜度，需具備一定的資料統整、歸納和邏輯思考能力。以上能力可透過參與科學展覽、小論文等項目訓練。科學展覽可在實驗過程中，透過自己發現問題，並嘗試解決來訓練邏輯思考；小論文則是藉由撰寫過程中訓練資料統整、歸納能力。另本系授課以英文為主、中文為輔，故應提升自我英文能力，以降低學習時的壓力。

協助學生自我認知與定位，適才適性地開發潛能並落實專業知能之建構、紮根及深耕，進而善盡社會責任與國際產業接軌，乃是本系的教育理念，同時配合國家重點發展政策推展農村再生與地方創生。

本系在全國大專學校中屬於特色科系。本系位於農學院與其他大專院校農學院系所在部分核心課程上有其相似處。
但本系在生物技術相關知識的訓練極為重視，也提供學生們更多元化的選擇與資訊。如生物科技、基因轉殖、基因克隆、PCR技術與檢測、生物資訊學、基因體學等科目。紮實的訓練為學生將來選擇就業或繼續升學，提供厚實的知識與實務基礎。

園藝不是當農夫，是在農業領域擔任領導人才，解決產業從上游育種、種苗生產、栽培管理、採後處理加工及市場行銷的中高等人才培育，是綠色產業的推手與經營管理者。

本系為農業生物科技學系，屬於農學院，但本系畢業生並非一定要從事農業相關行業。除農業(包括循環農業)相關產業外，舉凡生物/醫療科技相關產業、研究單位、公家單位、環境永續等產業皆為本系畢業生未來出路及生涯發展。

本系與農藝系最大的不同，偏重在經濟作物的精緻栽培，以果樹、蔬菜、花卉發展精緻農業，且發展造園景觀的環境園藝事業美化環境和人生的三生產業。

本系學習內容或學習方法方面，許多課程配有實驗課及溫室實習課程。學生也許在實驗課程中覺得等待時間稍多，但實驗/實習課程為正課講解之實際印證，可增加學生們實地操作經驗，因此非常重要。等待時間亦為實驗過程中之一環，可讓學生們有時間彼此討論，而非盲目重複實驗。

園藝是國家經濟與文明的指標，與每個人的生活、經濟作物的生產及環境生態保育息息相關，是高度跨領域學習的一門應用植物科學。

本系設備新穎，除各式精密分析儀器外(如:共軛焦顯微鏡等)，還有大型教學溫室、專業實驗動物房、及實驗室等級發酵槽，提供學生們絕佳實驗室環境。另外，本系專業師資皆具有國、內外大學博士學位，可培養學生們完備之國際觀。對於學生們無論畢業後國內升學、就業、或出國進修皆有莫大的助益。

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