本系以「材料化學」和「藥物化學」兩大主軸強化本系教學研究，老師的研究包含特用化學品之開發、無機材料之開發、奈米材料的製備、生物無機應用、藥物及生物分子分析、抗癌藥物合成、中草藥萃取與鑑定等領域。除了傳授堅實之基礎化學知識，結合嚴謹之實驗訓練，並參與專題研究，以培養研究能力及解決問題的能力。

以化學方法訓練學生學習研讀醫藥相關科學的系所，醫藥化學組偏重醫藥及其應用相關的化學研究，凡與藥品研發合成、生醫材料、生醫與食品檢測、生物體內的化學反應…等等，都是本系/組研究的方向。本系強調實作，研究風氣盛行，研究成果備受肯定。在2018-2022的Nature Index（自然指數）分析中，本學系在台灣之化學領域排名第5-10名，私立大學之首。

本系分為「有機化學」、「分析化學」、「物理化學」及「無機化學」四大領域

醫藥化學組偏重醫藥化學相關的化學研究，學習藥品研發合成、生醫材料與食品檢測技術、從化學分子微觀角度理解及研究各項醫學疾病治療的原因與解決之道。

在閱讀各個基礎學科與知識時，除了基礎的原理外，需要更深究其應用面，如何應用基礎知識在化學應用上。需要提升英文的聽說讀寫能力，以降低未來在面臨英文授課時的壓力。

1. 數理課堂中了解原理並練習發問。
2. 實驗課程中仔細觀察, 思考並紀錄。

簡單來說，化學系負責實驗，化工系負責量產。
化學系學習的是既有的實驗又衍生出哪些可能的新實驗等著被嘗試。而為了要更有效率，還必須研究實驗的技巧與注意事項。相對的，化工系學習的是當化學家開發出某種方程式後，用系統化的流程，自動、大量，且低成本來製造。鑽研製程的設計、改良，產能、良率的優化以及成本的改善。

本系醫藥化學組比一般大學化學系更著重於訓練學生在藥物開發與合成的專業。醫藥化學組主要是訓練學生從化學的角度觀察並思考生物化學、藥物設計、合成、作用機轉、鑑定等專業知能，旨在培育具新藥設計與合成相關專長之化學家，在學習的過程中會著重於有機合成等相關知識。
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本系除擔任國高中化學科與化工科教師外，尚有許多畢業出路許多可供選擇

雖然諾貝爾做炸藥賺了很多錢，不過化學的不是只能做炸藥而已。化學是現代科學的根基，基礎打得好，可應用在各類產業。醫藥暨應用化學系非僅限醫藥相關產業，出路比一般化學系與醫藥相關科系更為寬廣，除生技製藥外，高科技產業研發（如台積電）亦可勝任。
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除了在教室與實驗室授課外，亦有企業參訪及產業實習等校外課程

化學是所有科學的根基，換句話說，學化學只要基礎打得好，其實可以應用在所有的產業以及學科上。系上鼓勵學生跨領域學習、積極參與老師研究，為未來生涯累積基礎。
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本系未來發展
一、延聘學有專精之化學/化工人才參與學術工作，加強師資陣容。
二、改善教學實驗設備，充實圖書期刊，提高教學水準及實驗品質。
三、擴充研究設備，改善教師研究環境，提昇學術研究水準。
四、鼓勵教師從事研究工作，加強國內外學術研究交流合作，激勵學術研究風氣。
五、加強與產業界合作，培育學生化學專精能力。
六、成為教師在職進修及南部教學資源中心。

本系學生訓練強調實作，研究風氣盛行，研究成果備受肯定。在2018-2022的Nature Index（自然指數）分析中，本系在台灣之化學領域排名第5-10名，私立大學之首。本系成立於民國79年，並於89年及93年分別成立碩士班及博士班，迄今超過2000名畢業生，分別在學術界、生技製藥業與高科技行業中嶄露頭角。
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