以培育環境生物、漁業技術、漁場生態、海洋環境保護、漁業資源保育與復育、環境生物評估與管理等領域之人才為宗旨；在大學部著重於環境生物與漁業科學之基礎養成專業知識教育、教導漁業資源、海洋生物生產及漁業資源管理等，在學期間需進行4-8週海上或陸上實習訓練，結合學用合一。

走在時代尖端，引領學生走入全球科技潮流，以食品科學為核心，食品安全為重的專業知識，且與生技、醫學結合培育具創新開發於精準健康與預防醫學等知識，為國家孕育俱備食品、生技與醫學相關領域專業之人才。

為我國整合海洋漁業及環境生物教育研究之最高學府，「以海洋漁業為主，但不以海洋漁業為限」的思維培育新世代漁業科學與生態環境領域「教學」、「研究」、「企劃」、「管理」之專材。其方向包含「環境生物」與「漁業科學」兩大主軸，包括漁業技術、漁場環境、海洋生態、漁業資源保育與管理等領域之學科訓練，蓄積進階知識。

食品科學是一門把科學知識用於食品加工和生產的跨學科的應用科學。 食品科學內容包括食品加工、食品化學、食品微生物學、食品營養學及食品工程等學科.

◆環境生物與漁業科學系： 要注意國際漁業動態、漁政機關政令宣導與時事，尤其需要勇於嘗試及接觸不同人事物,拓展生活圈了解基層第一線的需求、生活、工作模式,互助合作參加研究計畫訓練團隊研究力。

1.實驗法:同學在高中時,進行基礎實驗課程時,請確實學習基礎操作.
2.理論課程:本系專業課程大部份會使用原文書教學,請同學加強英語的學習.
3.專題訓練:大學課程學期測驗包括考試和撰寫報告,同學在高中時多練習搜集資料,整合資料及訓練表達能力,進大學後,遇到相關的報告可以順利完成.

以發展「海洋漁業產業」、維護「海洋生態環境」以及健全「海洋資源管理」之教育研究理念，並以永續漁業經營發展為目標培育漁業與保育相關領域教學、研究、企劃及管理之專業人才。
水產養殖學系：以培養水產養殖科技人才，提升國內水產養殖技術與學術水準，發展水產增殖及生物科技為目標。
海洋環境資訊系：以培育海洋非生物科學、環境監測、資訊處理的科技人才為目標。

食品科學系學習的是食品相關的知識，包括食品加工、食品化學、食品微生物、食品生技、食品安全及食品營養，所學習的範圍較廣，保健營養和營養學系主要的目的在培養營養學專業人才，提升營養專業品質。

本系之教育目標與宗旨在於培育漁業科學與生態環境領域「教學」、「研究」、「企劃」、「管理」之專業人材。過去外界長期誤解本系畢業生之就業出路在於擔任基礎的漁民漁夫或跑船等勞力工作，僅能與漁船、漁港、漁貨相處，基本薪資低落無法維持生計出路不易，實際上畢業生多進入公部門及教育研究單位，起薪範圍介於4-5萬。

本系不是餐飲業，出路偏向食品製造及食品生技及研究方面。
附件是本系學生就業地圖。
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本系常常被誤解，教學內容強調漁撈作業，不講求保育與管理。本系之教學內容在於以瞭解漁業產業、海洋環境以及管理層面之相關議題，並探討資源變動與環境變遷之相互影響以提供制定相關管理政策之依據。然而，過去外界長期誤解本系之教學內容偏重漁撈作業之勞務領域，而忽略了保育管理、政策法規、社會經濟等相關議題。

1.本系具有報考專技高考-食品技師證照資格，但是不具報考營養師資格。
2.本系學的是食品科學的相關知識，和餐飲系學習的內容並不相同。

本系之生學就業出路如附件檔補充說明
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1.保健、機能性產品生技產業之蓬勃發展，運用食品科技手段創造高價值保健食品，教授課程含括食品生物技術、加工及利用、機能性產品理論與應用等專業培育人才具食品 (化學、生技、安全)、營養保健及加工製造之領航者。2.本系訂有「學、碩士五年一貫學程」，學生最快可於五年內取得學士與碩士學位。

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