本系所之設立旨在培育動物科學專業科技人才，並配合國家經濟發展及國際趨勢。整合科技理論與動物產業應用，並著重實務操作之訓練，以提升學習者在動物產業的智能與實作能力。

本系定位為發展農業生物科技，培養學生兼具生命科學和農業科學之基礎知識，使學生成為學識與實務兼備的現代農業科技人才。
本系發展著重於生物技術於農業的應用，以落實農業生物科技產業的發展。因此，本系課程著重於生物技術、作物科學、實驗動物、和應用微生物的跨領域相關知識整合，專業師資涵蓋了植物、動物、及微生物三大領域。無論是未來就業或繼續深造，本系提供學生們有更多元化的選擇。

本系專業課程主要以經濟動物產業發展趨勢與科技發展為主軸，規劃四大學程模組課程。包含動物解剖生理、動物營養、遺傳育種、飼養管理、動物產品加工、動物行為與福祉等，並依科技趨勢與社會需求彈性調整課程。

本系系名，農業生物科技學(系/所)，意涵在於將現代高科技之生物技術，應用於農業相關產業上。因此在課程(學科)上學生們會涉獵包括了生物技術、作物科學、實驗動物、和應用微生物等跨領域相關知識。

本系注重理論與實務結合，及團隊合作精神，高中學生在校時應注重實習課程操作，並可組成讀書會或研究小組，訓練團隊合作精神。

在修讀基礎學科相關知識時，除了修習其基礎知識外，建議可進一步深入探討其背後之機制與原理。因學科內容具有一定廣度、複雜度，需具備一定的資料統整、歸納和邏輯思考能力。以上能力可透過參與科學展覽、小論文等項目訓練。科學展覽可在實驗過程中，透過自己發現問題，並嘗試解決來訓練邏輯思考；小論文則是藉由撰寫過程中訓練資料統整、歸納能力。另本系授課以英文為主、中文為輔，故應提升自我英文能力，以降低學習時的壓力。

系為早期之畜產學系，學習課程以經濟動物的日常照護為基礎，規劃五大領域課程，包含動物生理基礎領域、動物營養與飼養領域、動物遺傳育種領域、動物產品利用領域及經營管理與休閒領域，以培育學生具備有動物繁殖與生物技術、飼養經營管理之實務經驗與專業技能及畜產品加工技術，從牧場到餐桌之過程都可參與學習，舉凡與動物相關之生活所有層面，皆可歸納於動物科學系，尤其特別著重實務操作之訓練，增進未來台灣動物產業能力。

本系在全國大專學校中屬於特色科系。本系位於農學院與其他大專院校農學院系所在部分核心課程上有其相似處。
但本系在生物技術相關知識的訓練極為重視，也提供學生們更多元化的選擇與資訊。如生物科技、基因轉殖、基因克隆、PCR技術與檢測、生物資訊學、基因體學等科目。紮實的訓練為學生將來選擇就業或繼續升學，提供厚實的知識與實務基礎。

擔任經濟動物飼育專業人員的確可以讓動物科學系學生發揮所長，但本系學生在學期間會接受遺傳育種、營養、生理、農場經營管理及動物產品加工等相關專業知識與實務操作技術，因此就業管道包含：公務機關、私人及財團法人機構、研究單位等，若有修習教育學程，通過考試甄選後也有機會擔任教職人員。

本系為農業生物科技學系，屬於農學院，但本系畢業生並非一定要從事農業相關行業。除農業(包括循環農業)相關產業外，舉凡生物/醫療科技相關產業、研究單位、公家單位、環境永續等產業皆為本系畢業生未來出路及生涯發展。

外界常以為動物科學系就是雞、豬、牛等動物飼養的勞力工作，此觀念已不符現今動物產業的生產模式。現代化經濟動物產業高度自動化。仰賴勞力部分極少，生產規模、產值都不可同日而語，畜牧業薪資待遇較一般大學畢業生為高，舉凡營養、繁殖、飼料製造、產品行銷等從業人員的專業能力，均亟需具備動物專業知識與技能的人才。

本系學習內容或學習方法方面，許多課程配有實驗課及溫室實習課程。學生也許在實驗課程中覺得等待時間稍多，但實驗/實習課程為正課講解之實際印證，可增加學生們實地操作經驗，因此非常重要。等待時間亦為實驗過程中之一環，可讓學生們有時間彼此討論，而非盲目重複實驗。

本系在專業課程設計理念著重在培養學生動物科技專業知能與實作技術能力。另外本系擁有一規模完善的動物試驗場，所以利用本系動物試驗場提供之相關設施，能充分配合系上課程教學實習及老師們的計畫研究。使學生能有機會進行理論與實務結合之驗證，這一向是系一貫的教學核心與特色。

本系設備新穎，除各式精密分析儀器外(如:共軛焦顯微鏡等)，還有大型教學溫室、專業實驗動物房、及實驗室等級發酵槽，提供學生們絕佳實驗室環境。另外，本系專業師資皆具有國、內外大學博士學位，可培養學生們完備之國際觀。對於學生們無論畢業後國內升學、就業、或出國進修皆有莫大的助益。

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