學系有大學部、碩士班與博士班完整學制。重視專題研究、跨域學習、實務證照及產業實習。「中藥保健組」培養中藥保健與美妝產業科技研發之專業知識與經營管理技能人才。「食品科學組」培養食品保健科技之食品研發工程師、保健食品工程師、食品檢驗分析人員、食品衛生管理人員及食品技師等專業人才。

本系師資涵蓋生物學、輔具設計、生醫材料、AI、生醫電子、IoT物聯網、生理感測、臨床醫學等專長。教學方向分為智慧醫療、醫學材料應用。與醫生、治療師等專業人員聯合授課，培養學生實作經驗與檢測能力。設有多間檢測實驗室教學，期許學生畢業後報考醫學工程師、CAD及IoT等證照，增加學生就業與升學機會。

藥用植物與食品保健學系是以中草藥、食品科學、生物技術為基礎，學習將各種生物性原料研發成為保健相關的產品。以藥食同源概念結合「中藥保健」與「食品科學」應用實務，從原料來源、生產、萃取、成分分析、毒性試驗、功能評估、產品配方設計穩定性、應用領域到產品行銷，產學研發一條龍模式與產業對接。

本系著重扎實的工程訓練與醫學涵養，以工程技術解決生物醫學及臨床的議題，發展創新的人工智慧、醫學影像技術、生理感測元件、IoT與穿戴裝置、醫學材料及醫療產品設計。其特色實驗包含如生醫材料檢測、醫療資訊與電子、物聯網、智慧醫療輔具檢測，學習內容符合就業市場需求，以因應生物科技與醫療照護產業的發展趨勢。

建議同學可以多參加中草藥、食品、生物科技等各式競賽及學術論文等學會活動，或者網路上搜尋如食品藥物管理署、食品或生技公司網站等了解跟本系相關的資訊，對有興趣的你，可以先進一步了解，預先培養專業素養與技能，成為符合產業需求的人才。同學平時可以多參加高中職課程跟大學各校系相關教師專題講演或座談，可以更直接了解學系的課程內容，也可以在高中時期先考取專業證照，例如食品檢驗分析丙級技術士、製茶丙級技術士、化學丙級、美容丙級技術士等等，未來就讀大學可以直接報考乙級技術士考試及保健食品初級工程師、食品品保工程師，對未來就業都是加分的證照。

本系整合工程、生物醫學、醫學電子與資訊及臨床應用的教學方向，以工程方法解決生物醫學問題，致力於實現醫學普及與智慧醫療的目標。教學方向分成二大類(二選一) : (1)智慧醫療(2)醫學材料應用，教學內容包含基礎醫學、生理學、生物學、普物普化，而(1)智慧醫療: AI、生醫感測、影像處理技術、3D列印與掃瞄、智慧輔具、醫用感測器、感測元件醫學應用、保健電子裝置。(2)醫學材料應用:生物醫學檢測、高分子生醫材料、表面鍍膜技術、材料分析與檢測、電腦輔助設計、鈦合金器械等知識，可以學習到醫學領域不可或缺的專業職能。

本系是具藥用植物專業與食品保健應用的科系，全國首創且培育學生達三十年，績效卓著。本系學生畢業後與其它食品科學系一樣可以取得報考食品技師資格，另除中草藥的專業知識與應用技術外，亦輔導學生考取國際芳療師、食品檢驗、美容、化學乙丙級、食品品保工程師、保健食品初級工程師等相關證照。

與本系相似的科系包含「生物醫學工程」、「生醫科學與工程」等系。本系是將工程技術應用於醫學相關領域上，包括生醫材料、醫學影像、醫學量測與儀表、生理訊號與感測、AI、物聯網、智慧輔具設計、醫學電子等。而生科系或生物醫學系著重在基因、染色體、蛋白、食品、酵素與生化工程的應用與發展，與醫學工程學習有所差異。

本系有教授營養學課程，但是不符合報考營養師執照的規定。本系食品科學組將報考食品技師所需課程列入學系選修課程，畢業學生可用本系修習七學科二十學分取得報考考選部專技人員食品技師資格。另中藥保健組將從事中藥製劑之製造、供應及調劑應修習之中藥課程列入必選修課程，畢業後可於中藥廠擔任研發、品管、生產等工作。

本系畢業學生的出路主要從事生醫、生技、醫療法規、生醫訊號、物聯網、AI人工智慧、醫療器材研發相關的工程師。學生畢業後從事生醫產業、生技產業、醫藥產業、醫療器材產業以及在醫院工作或報考公家機關，亦可繼續深造生物醫學工程碩士班。

本系招生及課程雖分為食品科學組和中藥保健組，但是同學入學後在修課上並不會侷限在新生入學時的組別上，亦即食品科學組及中藥保健組的同學都可以互相跨組選修，甚至也可以更改組別。只要同學在畢業時，達到各分組專長分攻專業課程的學分要求，系上會頒予專長分攻證書。

醫工系常與生物科技系、生物醫學系等學系混淆。然而本系著重扎實的工程科技與醫學知識訓練，幫助學生在專業涵養及培訓醫學工程師考照及IoT物聯網國際證照，讓學生獲得充分教學環境與設備進行醫學工程領域的培育，可應用於解決生物醫學及臨床的議題。

本系秉持本校德國式師徒制精神，由老師帶領進入實驗室的學生進行各式相關的科學研究，使每位同學能更具體了解產業的環境與人才的需求，可針對專任老師之學經歷背景、研究計畫主題、學術期刊發表內容、系學會活動概況及參與學生活動等加以了解，更能認識本系之特性。
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醫學工程相關產業正如以前台灣半導體產業起飛階段，台灣現有優質的醫學與工業技術基礎，有利於醫療產業發展。本系培養的醫工的跨領域專業人才符合產業人才需求，其發展特色如：智慧醫療與醫學影像、醫學材料與應用、醫療產品設計與研製。每個學生自大一起有自己的師徒師及班級導師，一方面輔導課業學習，一方面在充足生醫工程領域教學環境引導學生學習專業，根據興趣建議學生的選修課程及職涯發展的方向。

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