本系發展特色條列如下:

　（一）著重「綠色科學」及「奈米科學」人才的培養。

　（二）與地方政府、學校、研究機構與產業界合作共同發展臺東。

　（三）傳承發展科學教育的使命，培養臺東科學教育人才。

　（四）加強學生基礎科學的涵養與實務課程，以強化就業競爭能力。

◆國立臺東大學 應用科學系 化學及奈米科學組特色

培養「綠色科學」及「奈米科學」人才為本組發展重點。並與地方政府、學校、研究機構與產業界合作，進而協助當地特色產業。學生基礎科學的涵養與實務課程方面，以提升就業競爭能力。支援自然科學專業人力，協助科學教育發展。搭上高科技產業蓬勃發展列車，畢業生可從事光電、半導體、能源、化工、檢測等產業。畢業生也可選擇國內升學。擁有各領域的師資。

物理學是自然科學中最基礎的學科，化學和生物學等科學乃至工程學科如光電、材料、電機等都是建構於基礎物理之上，因此學習物理是相當聰明的選擇，本系應用物理組的畢業學生絕大多數都能進入國內外大學之理工、光電、電機及資訊研究所繼續深造，或至科技產業發揮所學，除了完滿個人成就，對社會與國家建設亦能做出重大貢獻。

◆國立臺東大學 應用科學系 化學及奈米科學組: 化學是一門研究物質的性質、組成、結構、以及變化規律的基礎自然科學。 化學研究的對象涉及物質之間的相互關係，或物質和能量之間的關聯。可運用於感測器設計、藥物合成、工業催化劑設計和各式能源材料開發。

參加科學營與科學競賽

數理化學群: 一、在閱讀各個基礎學科與知識時，除了基礎原理外，搭配實驗課的內容進一步瞭解其應用層面。
二、透過各式管道，例如: youtube，觀賞化學學科相關示範實驗，瞭解化學知識在生活中的相關應用。

應用科學系應用物理組更強調基礎物理與生活科學應用的結合，佐以綠色奈米科學，將物理學知識應用於工程學科，包含光電、電子、材料、化工、機械等，讓學生能夠適才適性發展出自己的專長與特色。
本校雖位處偏遠，但本系師資及學習資源並不亞於西部其他相關科系，學生就讀本校，劣勢亦可為優勢，於優美的圖書館與校園環境下，呼吸最乾淨的空氣，成就個人學習興趣與未來專業，是其他大學所沒有的優勢。
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臺東大學 應用科學系化學及奈米科學組: 本組分類上屬於理學院，蠻容易和工學院中化工系混搖，事實上這兩門系所的基礎課程很多是相同的，例如: 分析化學、有機化學、物理化學、無機化學及生物化學皆為本系的主修課程；而化工系中的有機化學、物理化學及無機化學學科也是其重要的基礎課程。

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高中生最容易誤解物理系畢業後找不到工作，事實上，目前科技職場主要人力皆為碩士學歷，僅有大學學歷已不符合職場需求，因此大學就讀基礎科系，強化自身基礎科學知識，研究所選擇工程學科才是最佳的選擇，物理為工程科學基礎，擁有充實的物理知識，才能應付工程相關研究所創新應變、解決困難的需求。
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總覺得化工比化學的出路還要好，但實際上要有化學的開發才能有化工的運用。簡單來說，『化學』就是『化工』的上游，透過化學進行原創性方法開法並瞭解反應發生原因，將所開發結果進行製成放大，最後進行現場大規模製備。透過化學與化工的相互合作即可以將實驗室開發於現場實際化。

本系課程以物理學為基礎，延伸專業模組課程涵蓋光電、材料、電子、機械、地球科學等領域，讓學生有充分的機會可以選擇自己興趣學科學習，除了畢業後可以報考基礎科學與應用科學等工程類之研究所，也易於找到適合自己未來的工作方向。

刻板印象：『化學就是要用背的』。但其實並不全然是這樣，有很大一部份是需要觀念的釐清，原理的了解以及空間想像的概念。此外，本系很重視實務的操作，透過實驗的進行，讓學生可以了解實驗室的安全衛生教育、實驗原理和光學儀器的操作。
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本系分為[應用物理組]和[奈米科學及化學組]，修讀本系可以充分選修兩組間的所有課程，並且部分課程由化學及物理老師共同開課，學生可以很快培養個人對部分學科的興趣，並強化自己的學習目標
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本系組可以透過原理與實驗的操作，對藥品/材料之特色有更進一步的了解，從而體會課本中所傳授的知識，將所讀變成所學。

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