本系以東部特有生物資源做為研究重點，包含生物技術與生態資源應用二大領域，如保健食品生技、深層海水應用、微生物技術、動植物生理、生物多樣性、生態資源應用、生態調查研究、甲殼類培育養殖與環境教育等。設有植物農場、生技產品開發實驗室、細胞培養室、實驗動物房與食品生技實習工廠。著重產學合作與實習，提供校內、外實習等場域之學習。

本系課程著重生物醫學重要新興領域，強調訓練同學獨立進行研究工作的能力。並且開設多項跨領域課程，提供許多海外大學研修及生技產業實習機會，使同學同時具備基礎研究與產業應用兩方面的優勢，畢業後選擇繼續深造或進入生技產業就業皆可勝任。

本系「生命科學系 （Life science） 」，主要探究學習基礎生物領域之科學知識與應用技術。包含生物技術與生態資源應用兩大領域，並結合兩項領域之學科知識學習，培育學生跨領域整合能力與應用。

本系隸屬長庚大學醫學院，原名為「生命科學系」，因本系較為集中探討基礎生物及醫學相關的領域，並不包生命科學範疇中的植物、生態、保育等議題，因此於99學年度正式更名為「生物醫學系」。

本系主要發展兩大領域，生技領域及生態領域，本系設有生技工廠、植物生態農場與實驗動物房等專業學習與實習空間，結合學術研究與產業實務，以生命科學應用研究為發展目標，能從事食品農業生技、醫藥衛生與環境生態保育等相關工作，我們可以自信的說，臺東大學生命科學系絕對不會那種”科科”的選擇。

建議高中生可以積極參與學校自然科學實驗課程, 高中自主學習計畫, 科學性社團或是參加校內外各類科學競賽等, 在這些活動中發掘對生物醫學研究的興趣及潛能。

本系與相關生命科學系單以生物學相關知識學科與技術學習有所不同，除基礎研究外，更著重生物資源應用與產業及在地資源接軌。本系設有植物試驗農場、全國唯一食品生技工廠廠等特色空間，具有現代化生技設備提供產學合作、師生研究成果實踐之實習場域，並具備豐富生態資源，能帶領學生至知本溼地、都蘭山、綠島、蘭嶼等生態資源豐富之在地場域進行生態相關研究。

本系沒有植物、生態、保育等相關課程，著重生物醫學相關課程及跨領域的應用學程，與純以研究為主的生命科學系不同。本系與醫學院緊密合作，研究及應用領域皆以醫學為主，和較少基礎研究科目的生物科技系也不一樣。而生物技術系，大多為培養醫檢師的科系，和生命科學類的科系本就不同。
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本系「生命科學系」之生涯發展主要著重於生物技術與生態資源相關學系研究所之升學。生物技術領域之未來就業包含各類生技企業、生技檢驗企業、食品生技公司、各級生醫、生技與農業生技研究單位、國營企業、衛生行政與技術公職等。

生醫系畢業並不是只能做研究，本系著重培養學生成為跨領域人才，同學畢業後就業的機會寬廣，除了參與學術研究機構，也可加入生物科技產業的市場分析與開發或是臨床試驗公司，比他系畢業生更具優勢。生醫系學生雖不能考醫事人員執照，但是可以報考學士後醫學系或學士後中醫系，也可報考公職。
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本系名稱為「生命科學系」，常因名稱與生命禮儀、生死學相關名稱接近而產生混淆。但學習內容大不相同。本系以探究生物技術與生態資源應用之學習為主，絕對非學習生命禮儀相關，兩者大不相同。

本系課程主要以基礎的生物學、細胞學、分子生物學為主，雖然也有生理學、藥理學等，但並不包含醫學系所學的解剖學之類的課程。本系必修課還包含有機化學、分析化學、生物化學等化學相關課程。上課方式除了聽講之外，另外還有實驗課，電腦課、專題研究、課堂討論、企業參訪、企業實習等，上課方式多元而且強調實作。
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本系雖位處台東，一般大眾印象為偏遠、交通、飲食不便之地，但本校實際位處台東市，離知本火車站、台東市區僅需15分鐘車程，校內有7-11及多家餐飲餐廳，飲食及生活機能充足毋須擔心。

本系有三個學程, 同學除了修完基本必修學分外, 必須於 「生醫研究專業學程」, 「臨床試驗專業學程」, 「生技產業專業學程」及, 「全英生物資訊專業學程」中擇一修習。本系有第三學期制，利用暑假修課，有機會提早一學期畢業。為鼓勵本校大學部優秀學生繼續留在本校就讀碩士班、博士班，本系的學生可在大三時申請進入本校相關研究所，如順利將可在五年內取得「五年一貫」碩士學位或是「七年一貫」博士學位。

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