本系培育人才的特色規劃，除了基礎學科外，主要配合政府推動5+2產業及政府「六大核心戰略產業」，深化生技醫藥產業人才之培育，積極與各校及生技醫藥廠商溝通與合作。學系同時輔以職涯探索課程，以期增加學生職涯及學習方向契合度，並搭配業界參訪及實習，生物醫藥產業鏈上、中、下游，基礎到應用的研討會及演講講座，提供學生握產業各個業別實況及業界生態。

本系在醫學大學內設立，醫學基礎教育的薰陶將是本系在化學教育外的一大特色，目標在培養學生具備基礎化學知識外，期能將化學應用在醫藥、生醫、藥妝品與保健科技上，以因應跨領域科技產業人才之需求。

生物醫學科學的範疇涵蓋生命科學、生物技術及基礎醫學，專注於細胞、器官及系統在人體內的功能，並且應用這些基礎知識來了解人類疾病的發生原因。同時還包括精準醫學、人工智慧、生物及醫療科技產業，結合上述的範疇，進而能開發診斷或治療人類疾病的方法。因此中山醫學大學生物醫學科學系是橫跨醫藥衛生學群、生命科學學群及生物科技學群的科系。

醫學應用化學系以五大化學主科包含：有機化學、分析化學、無機化學、物理化學與生物化學作為學習基礎，並輔以醫藥應用相關課程培育學生；目的在訓練學生從化學的觀點來了解複雜的生命現象進行跨域學習，讓學生能夠銜接醫藥生技與材料化學的跨領域應用。

同學在閱讀各個基礎學科與知識時，除了基礎的原理外，需要更深究其應用面。此外，需要培養具備歸納與融會貫通的能力，可以透過參加科學專題或規劃自主學習計畫來加強這項能力，透過自己發現問題，嘗試解決回答它，將有助於提升自己的觀察力，歸納與融會貫通的能力。同時也能培養動手做的實力。此外，需要提升英文的聽說讀寫能力，以降低未來在面臨英文授課時的壓力。

本系歡迎具備科學家特質、喜歡追求原理、願意突破現狀的高中生就讀，能接受新的及未知的挑戰、情境或學習內容；邏輯推導能力強，思考形式彈性活潑；懂得獨立思考、判斷、分析各方資訊，並能專注投入科學實驗，是本系學生必要配備。

本系是全國第一個設立之生物醫學科學系，有別於其他校的生命科學系和生物科技系。本系主要培養生物醫學及生物技術相關領域方面之人才，研究探討對象是與人類相關之各項疾病、遺傳、生理、發育、神經、及生技藥物研發等。一般大學之生命科學系大都為生物系、植物系或動物系演變或合併而來，其研究對象更為廣泛，包含各種生物、微生物、植物或動物、生態與演化等。

醫學應用化學系會以化學學科作為跨域學習基礎，但會結合專業的醫學師資引導學生如何將化學結合至生物醫材、精準醫學等相關的領域，這是有別於傳統化學系最大的不同處。與一般應用化學系最大的不同在於本系也會針對產業人才需求趨勢加入生物感測、藥物化學、生醫藥妝學等課程，並在大一課程中先引入醫學大學特有的臨床醫學知識，因此能夠提供學生紮實的醫藥與化學相關學習資源。

生物醫學科學學系畢業後，凡是有關生技醫療方面的產業都可從事，包括研究單位或醫學中心研究人員、生技公司或藥廠研發人員、醫療器材研發人員、生物科技專利工程師、化妝品研發人員、考學士後中西醫、刑事鑑識人員、教師、公職(生物技術、食品衛生檢驗等)、研究助理、精準醫療產業，細胞治療產業，再生醫學產業等。
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很多學生或家長都覺得化學相關科系畢業，只能在具有危險性與污染性的化學工廠工作，其實化學是基礎科學訓練，除了學習化學原理外，也著重邏輯推演與組織歸納的深度思考訓練，因此適合發揮的工作領域其實相當廣泛。本系人才培育強調化學與生物醫藥的連結應用，因此在就業上更能符合國家產業發展趨勢的需求。
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本系與其他學校的生命科學系、生物科技系和生物醫學系的課程安排和培育人才設定不一樣。本系人才培育和教學目標特色，主要培養生物醫學基礎研究或生技醫藥產業研發人才。同時容易被誤解為培養臨床醫師之醫學系，另外本系亦非動植物或生態相關科學人才培育(此為生命科學系的特色)。

很多同學會認為學習化學主要是靠記憶與背誦，其實這是錯誤的認知；其實化學跟數學、物理原理一樣，是宇宙運行的通用法則，只要注重化學的核心概念，透過邏輯推演的學習方式，就能夠徹底掌握複雜的化學知識。再者，許多同學認為化學實驗操作是危險的，只要遵循實驗步驟與老師的指示來操作，其實都是安全的。

本系並設有五年一貫學碩士學程與多個跨領域學程。如生技醫藥產業培育人才微學程、法律(專利)學程、鑑識科學學程、企業管理學程。學系提供多元學習機會，亦設有赴國外研修機會。本系課程設計除了基礎學科外，還包含精準醫學、人工智慧、生物及醫療科技產業相關課程。這些課程涵蓋在政府近年所提出「六大核心戰略產業」的重點產業之內。

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