本系創立於1971年，由美籍傳教士羅芳華博士，聘請國內外菁英，以嚴謹之教學理念奠定紮實基礎，學理與展演並重。師資陣容堅強，專任教授多擁有歐美博士學位。重視國際化教育環境，定期邀請國內外演奏家至校內演奏、演講、座談及示範教學，提供觀摩與互相切磋之學術環境，協助學生發揮最大音樂潛能。此外，於113學年度開設「音樂治療」組，培養人才及增強音樂應用於社會服務技能，並且促進跨領域人員多元學習。

本系課程培養學生音樂表演藝術專長、音樂專業知能及教學能力，增設跨領域課程，如爵士音樂理論實作、電腦音樂、流行音樂、影像音樂與製作、音樂治療等，提升學術研究風氣、拓展學生鄉土意識與國際視野，促進中西音樂交流與創新。課程規劃上兼顧音樂演奏、教學及應用音樂等能力，針對現今社會環境提升學生專業、跨域之就業能力。
113學年度起申請入學增列不採計全國音樂術科成績之組別，提供對音樂有興趣者就讀音樂系的管道。

本系為西方古典音樂學系，以培養音樂相關領域專業演奏(唱)、創作人才為目標。樂器組別包括鋼琴、電子琴、聲樂、弦樂、管樂、打擊樂與作曲。另設「音樂治療組」，另設「音樂治療組」，以理論為基礎，實作為輔，培養本土音樂治療專業人才。

台南大學音樂學系包含音樂專業科目、音樂教育、應用音樂(爵士、流行、電腦音樂、世界音樂、影像音樂與製作、音樂治療...)等相關音樂學科。

[演奏唱、作曲組] 提升個人演奏(唱)專業能力、具備充足的基礎樂理知識。
[音樂治療組]培養日常觀察人在不同環境中的音樂行為、紀錄方法，並增進評論、分析與自省的能力。

一、參與校內外音樂社團，如合唱團、弦樂團、管樂團、吉他社、國樂社、流行音樂社、交響樂團、直笛團等，並參與演出。
二、學習器樂、聲樂(獨唱)或音樂創作的課程。
三、參與音樂欣賞類型之課程或社團。
四、定期觀賞音樂會演出。

演奏(唱)及作曲組整體課程設計著重獨立思考與創意啟發，目標為培育具國際視野的專業音樂人才，奠定日後進入職場所需的良好基礎。
音樂治療組著重理論與實務結合，透過聆聽、律動、歌唱、敲擊及臨床即興技巧，協助進行自我覺察及各類身心障礙者的了解，做適當的音樂活動設計，未來投入助人者工作。

本系常與國立台南藝術大學音樂學系受人混淆，台南藝術大學是七年一貫，臺南大學則是一般大學，另有碩士班與碩士在職專班。

音樂系學生在求學過程中，所培養的專注力、組織能力、應變能力、創造力、美感鍛鍊以及解決問題的能力，在進入職場後，即使是非音樂類的工作，亦能迅速掌握要點，成為成功的典範。
音樂治療不是單指音樂聆聽，亦非音樂輔療、音樂陪伴，而是需要透過專業課程培育，取得正式學位，並具有實際臨床經驗後，才能從事的助人工作。

問: 畢業後馬上成為演奏家?
答: 當演奏家非短期內可達成，需於在學期間依循老師指導並認真練習，持續參加各類演出及比賽累積實力，畢業後繼續提升專業演奏能力，則有機會在演奏上發展。

各項樂理課程的核心目標是裝備學生學習音樂的基本能力, 從讀譜、視奏、分析、到應用、更進一步與演奏能力相輔相成，培育出具備份專業智能與演奏能力的音樂專才。

1. 問:我想念流行音樂，可以考音樂系嗎? 答:可以，本系以古典樂為主，另開設關於流行音樂製作等選修課，讓學生在選課上有更多選擇。
2. 問: 我在高中有參加吉他社，可以考吉他主修嗎? 答: 113學年度起申請入學增列不採計全國音樂術科成績之組別，建議報考此組，入學後再藉由主修課程提升吉他演奏能力。

本系有兩大目標：
一、給學生紮實的音樂基礎教育，例如樂理、音樂史、樂曲研究、語韻學，嚴謹程度比照歐美一流音樂學府。
二、安排校內外及國際演出機會，並與國際級大師、國內外學生團體同台演出，讓學生參與多姿多采、豐富的舞台展演。

本系師資均畢業於國內外知名音樂系所，各有學術專精與豐富表演經歷。在課程方面本系課程規劃兼顧樂器演奏和音樂教學能力，並增設跨領域課程，如爵士音樂理論實作、流行音樂、電腦音樂、影像音樂與製作等。此外，於每學期安排多場大師班、專業講座、音樂會等活動，邀請國內外知名音樂家蒞臨交流指導。
自113學年度起申請入學增列不採計全國音樂術科成績之組別，提供對音樂有興趣者就讀音樂系的管道。

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