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本系自1955年成立至今已有69年歷史，以培養具有國際視野的跨領域水利及海洋工程人才為目標，透過厚實的專業課程來學習基礎科學並應用於水資源管理、治水工程、水土保持、海洋環境保育、海岸及海洋工程、自然災害防治(土石流、淹水、瘋狗浪等)、離岸風電、海洋再生能源(海流發電、波浪發電等)等永續環境工程建設。本系師資完整、設備優良、教研成果豐碩、國際交流頻繁、產學合作經費在臺灣相關學系首屈一指。

本系提供尖端海洋能源以及高科技產業鏈之多領域教學與研究，特色為船舶海洋工程、應用力學、光電、機電及資訊等多領域科技人才培育。畢業生皆能於離岸風電、智慧機械、船舶及海洋科技、半導體、光機電、資訊等領域深造與就業，多元發展，出路極佳。

水利及海洋工程學系主要在研究及管理水的一切事務，無論是天上的水、陸地上的水、海水、地底下的水都屬於本系研究的範圍。
研究內容包含了淹水預警、防洪工程、水庫清淤、水資源管理、灌溉排水、土石流、河川整治、水土保持工程、生態保育與工程、離岸風機、海岸保護、港灣設計、海洋與海岸災害、海洋再生能源、海域工程等。

「工程科學」為工程及科學的結合，科技與系統整合係工程科學主要目標，本系的教學研究特色為科技與系統整合，強調具備科技與系統能力的跨領域專業科技人才培育，教學研究領域涵蓋船舶海洋工程、應用力學、光電、機電及資訊等領域之基礎課程及專業領域進階課程。

在高中時期除了充實自己的學科基礎外，語言的學習亦是重要，在大學時期多數書籍都採原文書籍，有基本的能力較能順利進入基礎課程的學習之中；工程人才不外乎要能具備發現問題、解決問題的能力，更要能有合作的能力，在高中時期，可透過參與實作課程，先行學習發現問題，嘗試解決回答它，將有助於提升自己的觀察力，歸納與融會貫通的能力，同時也能培養動手做的實力；另外亦可參與社團、小組專題報告等活動，以學習人與人的互動及合作。

本系著重於數學、物理、等領域科目及加深加選選修表現。高中在學期間與工程科學及海洋工程領域相關科目之書面報告、自然科學領域探究與實作成果，或特殊類型班級之相關課程學習成果。

與水利相關的科系主要有土木系及環工系，但三系所在課程與研究方向上有著明顯的不同。土木系主要著重在結構及力學；環工系著重在研究水的「化學變化」；水利系著重與水資源與海洋相關的議題，以及水的「物理變化」，例如水循環的應用、水資源規劃，甚至可延伸出土石流防治工程，或是沿海離岸風機的設置等。

工科海洋系與機械系、電機系等相關科系的不同在於本系著重多領域學習，課程涵蓋海洋工程、應用力學、光電、機電及資訊等多領域整合。

水利系畢業後可參與科技水開發(再生水、海淡水)、離岸風電、水庫建設、港灣建設、治水防洪等工程，為國內水利海洋領域龍頭科系。並非從事水電工、挖水溝及修理水龍頭等工作。

1. 學生易混淆本系畢業生只能從事船舶海洋工程領域相關工作。
2. 學生易混淆本系畢業生只能從事高科技產業鏈相關工作。
3. 本系未來出路涵蓋非常廣，如離岸風電、智慧機械、船舶及海洋科技、半導體、光機電、資訊等尖端海洋能源以及高科技產業鏈領域深造與就業，多元發展，國內外產業就業機會極佳。

土木、環工和水利的研究領域相似，因此常被混淆…其實，三系所的研究重心不太一樣。
土木系著重在結構與力學；環工系著重在研究水的「化學變化」，例如汙水的處理；水利系著重與水資源與海洋相關的議題，以及水的「物理變化」，例如水循環的應用、水資源規劃，甚至可延伸出土石流防治工程，或是沿海離岸風機的設置

本系教學目標乃在提供多專業及多領域科技之基礎工程教育，以及多種專業學程學習環境。同時並融入總整式課程，重視理論與實務整合訓練。

水是萬物之本，本系創系以來超過6000位畢業生，佔國內水利海洋專業領域人員極大比率，多個與本系相關的政府部門(水利署、海洋委員會、氣象局、農水署等)代表工作樣態多樣、機會極多，發展機會甚廣。水利建設是一個國家永遠都需要的學科，隨科技發展持續精進(從傳統水到科技水)，永不落伍。

本系就工學院其他科系而言更加著重於多領域學習，課程涵蓋海洋工程、應用力學、光電、機電及資訊等多領域相關課程。在學程規劃上，大一大二以基礎課程為主，其中各教學領域擬定一至二門必修課，除可協助學生選擇志向外，也具促成多專長與多領域之教學目的，大二以後，學生可依自己的專業能力發展選擇相關領域進階專業課程，成為具備科技與系統整合能力的多領域專業科技人才。