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藥學系以「培育優良藥師、力行創新研究、服務社會人群、及奉獻領導藥界」為中心思想，將創系系主任孫雲燾教授所說「藥能壽世，學以惠民；十年樹木，百年樹人。藥學教育濟世惠民，任重道遠。」作為座右銘。

因應社會快速變化，北醫藥學系六年臨床藥學組，由國際大師級客座教授協同設計，以美國臨床藥學教育為藍本，深化藥物治療及社會藥學課程，以因應台灣社會對臨床專科藥師之所需。本系及附屬醫院擁有全國最多留美Pharm.D.師資(12名)，藥物治療學導入團隊導向學習，藥物治療學總學分共24學分，內容紮實。進階專科實習以三所附屬醫院為主體，學生得於各專科領域如癌症、感染專科、重症專科等，進行深入臨床藥學專科訓練。

藥學系指與藥物相關的科學領域，包括新藥的研發、藥品的製造與品質管制、調劑與臨床藥學、藥事行政與法規以及藥物經濟等。

藥學系臨床藥學組係有關臨床藥學治療之學科，著重專科藥師之培育與養成，畢業後得以運用臨床藥學知能，成為醫療團隊中藥物治療之專家，在各專科領域中，以藥師專業服務病人，保障用藥安全。

本系部份課程如調劑學暨臨床藥學等，必須具備色彩觀察及辨識能力。
部分課程以小組討論進行，宣具有人際互動、溝通協調之能力。
部分臨床課程須久站以照顧病人、具備抗壓能力、與醫療團隊溝通、建立醫病關係等，必需具備適當之視覺、聽覺、口語表達、溝通以及個人安全維護的能力。

一、培養自主學習、強化生物及化學學科能力。
二、探索與了解藥學相關之職涯興趣及所需能力、工作內容。
三、除中文能力的理解表達能力外，須培養英文能力、練習以口語或文字表達個人觀點，並能與他人進行溝通與討論。

藥學系為唯一畢業後具有參加藥師執照考試資格的學系。 藥理學或是生物藥學系的學習內容則是以生物醫學相關科目為主，畢業後不能報考藥師執照考試，亦無新藥研發與藥品製造的相關專業科目。

全世界僅有藥學系畢業的學生可考藥師執照，其他科系，例如:化學、生物科技、醫學等，均不具有藥師國考資格。在新藥研發、藥廠藥業及醫療機構中，都有極大需求聘用具有執照之藥師來執業。臨床藥學組於臨床知能之加強，更進一步以培育專科藥師為目標。

臺大藥學系為唯一畢業後，具有參加藥師執照考試資格的學系。
藥學系畢業生的出路不限於醫院或社區藥局，生涯發展的範圍遍及產官學研各領域，具有最多元最寬廣的發展空間；相較醫學院其他科系，畢業生的主要工作地點為醫療機構。

六年制臨床藥學組有加深加廣臨床藥學課程。畢業生多以醫院藥師為主要之職涯發展。北醫藥學系臨床藥學組為培育高階人才，建置國外名校學碩雙聯學制或本校學碩一貫學制。

除了參加藥師執照考試資格的相關課程外，臺大藥學系的學習內容同時包括完整的新藥研發、藥品製造與品管、藥事行政與法規以及藥物經濟等課程，亦即涵蓋醫院、產官學研各方面的藥學知識。

課程中以藥物科學、臨床藥學專業科目為主，主要鏈結高中化學與生物課程，物理與數學運用較少。藥學系與化工、材料等以化學為重心專業的科系不同，著重有機化學及後續於藥物化學之應用，較非基礎化學原理探究。六年制臨床藥學組主要知能為臨床藥物治療，與生物、生理、病理、藥理習習相關。

臺大藥學系領先全國藥學系，提供六年的藥學教育，接軌美國Pharm.D.學位，課程設計鼓勵多元化的加深發展，學生可依據性向增加選修：一、醫院/社區臨床藥學；二、藥學研究；三、藥廠/藥商；四、藥政管理，以銜接未來個人之中長程生涯發展規劃。

1、藥學系臨床藥學組為六年制。2、師資充足，並有北醫大三家附屬醫院之專科藥師群進行臨床藥學授課與實習。3、擁有3家附屬醫院(北醫大附設醫院、萬芳醫院、雙和醫院)做為專科實習主要場域，並有部份科別實習可至國內外醫院進行。4.、鼓勵學生出國交流，開放國際藥學生於寒暑期來本系實習與交流，並與美國部份大學(例如:南加大、賓州大學、聖約翰大學)設有雙聯學制。5、具有龐大的系友資源，可建立未來社會人脈。