本系（所）為配合國家產業發展，積極規劃以生化醫藥、材料化學及分析化學三大教育研究方向。
1.生化醫藥，規劃與推廣於地區醫院，藉此提升地方對醫療體系及醫療資訊的重視與改善，使學生能兼顧生化醫藥的理論與實務基礎。
2.材料化學，有優良的學術研究成果外，更與工業界密切的合作發展，在強烈的企圖心下，積極主導著產業相關的關鍵技術
3.在分析化學方面，著重於各項分析技術的開發與應用

本系以「材料化學」和「藥物化學」兩大主軸強化本系教學研究，老師的研究包含特用化學品之開發、無機材料之開發、奈米材料的製備、生物無機應用、藥物及生物分子分析、抗癌藥物合成、中草藥萃取與鑑定等領域。除了傳授堅實之基礎化學知識，結合嚴謹之實驗訓練，並參與專題研究，以培養研究能力及解決問題的能力。

化學是基礎學科，亦是與日常生活息息相關的應用科學，涵蓋食品、生化、醫療、染料、石化、觸媒、材料、環保、光電、半導體製程各個領域，應用化學的專才因而在國家經濟建設中扮演重要的角色。應用化學系暨研究所成立之宗旨乃培育青年學子將化學知識實踐於產業。

本系分為「有機化學」、「分析化學」、「物理化學」及「無機化學」四大領域

1.實驗報告：教授及助教協助同學透過實際實驗操作，讓同學具備自己設計預期功能裝置之能力,，可將課本理論與實驗操作進行結合，更具體了解所學習到的內容。
2.文獻研究：藉由國際論文之探討，可深入了解化學領域目前發展的趨勢。
3.分組討論：課程設計上將刻意讓同學有機會有多次的分組合作機會，進而學習與人合作的模式。

在閱讀各個基礎學科與知識時，除了基礎的原理外，需要更深究其應用面，如何應用基礎知識在化學應用上。需要提升英文的聽說讀寫能力，以降低未來在面臨英文授課時的壓力。

整體而言應用化學系暨研究所的設立，除以培育應用化學人才為目標外，並計畫整合台灣中部地區生化醫藥、材料化學、分析化學之教育與研究資源，發展具創造性的教學與前瞻研究，突破傳統教學下理論與實務的藩籬。相信本系所之設立不但能縮短城鄉間差距，更能藉由培育世界各地華僑子弟，使其能成為優秀的專業人才，繼而帶動台灣學術研究的國際化。

簡單來說，化學系負責實驗，化工系負責量產。
化學系學習的是既有的實驗又衍生出哪些可能的新實驗等著被嘗試。而為了要更有效率，還必須研究實驗的技巧與注意事項。相對的，化工系學習的是當化學家開發出某種方程式後，用系統化的流程，自動、大量，且低成本來製造。鑽研製程的設計、改良，產能、良率的優化以及成本的改善。

一般會將化學當作化學藥劑或工業用藥，但是化學是基礎學科，涵蓋食品、生化、醫療、染料、石化、觸媒、材料、環保、電池、半導體製程……等等各個領域。

本系除擔任國高中化學科與化工科教師外，尚有許多畢業出路許多可供選擇

容易把化工系及化學系混再一起
簡單說:
化學系是基礎加上理論，化工系是製程了，應用化學則是基礎加上理論，更進而研究及研發了。

除了在教室與實驗室授課外，亦有企業參訪及產業實習等校外課程

無

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本系未來發展
一、延聘學有專精之化學/化工人才參與學術工作，加強師資陣容。
二、改善教學實驗設備，充實圖書期刊，提高教學水準及實驗品質。
三、擴充研究設備，改善教師研究環境，提昇學術研究水準。
四、鼓勵教師從事研究工作，加強國內外學術研究交流合作，激勵學術研究風氣。
五、加強與產業界合作，培育學生化學專精能力。
六、成為教師在職進修及南部教學資源中心。

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