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本系強調理論與實務並重，以生命科學為本，生物科技為用，灌輸學生學以致用之思維。本系專任老師研究項目包含生物檢測、生物醫學、生物資訊、分子防治、細菌遺傳、環境昆蟲、植物生技、中醫藥等重點發展項目。本系成立已20年，為國家培育「具廣博視野及與時俱進兼容並蓄之生物科技人才」，系友在產官學繼續為生物科技貢獻。

本系以培育具跨域創新及專業能力的醫學工程專業人才為目標，為南台灣第一所生物醫學工程學系。因應國家政策未來趨勢及醫療器材產業發展之需求，規劃生醫電子暨醫學資訊、生醫材料暨組織工程、生物力學暨福祉科技特色領域課程，配合義大醫療財團法人之設備與臨床師資，訓練培育具有跨域整合創新能力之醫學工程專業人才，並規劃校外實習課程以提升學生就業競爭力。

生物科技學習範疇為自然科學領域、生物醫學、生物相關之科學及實驗技術技能，並利用生物與生物產物改善人與環境所遭遇之難題，增加與優化人類福祉。生物科技學習科目之內容與生物細胞之運作相關，但亦包含生技倫理、法規、環保、產業等議題。

生物醫學工程學系是將工程領域的專業技術能力與臨床醫學需求做更密切的結合的學系。

解決問題能力與創新是生物科技重要能力，只要能熟悉基礎學科再加上實際的實驗實作就可得心應手。生物科技領域廣泛，但只要在日常生活中稍加體驗、涉略媒體與書籍課本知識就可熟悉。於高中階段稍加了解生物科技領域，能知道生物科技是對於人類福祉有極大助益之科學，於大學階段認真學習，培養實驗技巧，參與研討會吸收最新知識將對日後生涯有極大幫助。

基於上述的學習方法，學生在「個人線上學習」方法上，要具備主動性，同學要養成線上觀看或是下載檔案進行非同步線上學習的習慣。在「小團體讀書會」方法上，學生要培養與同儕互動學習的能力，應具備主動分享與合作的習慣。在「補教教學」的方法上，同學要養成發問問題與整體問題的能力，上補教教學課程時，要養成敢問老師問題以及針對問題答案或是解題流程的整理與分析的能力。

生物科技涵蓋範圍廣泛，本系以「培育廣博視野之生物科技人才」及「培育與時俱進兼容並蓄的生物科技人才」為教育目標，以生物檢測及分子防治為兩大發展重點。在生物檢測的研究，已建置檢測實驗室，可進行基因、微生物與食品等檢測；在分子防治的研究方面，包涵老化、生醫工程、腫瘤與環境生技等研究。生物科技技術與發展一日千里，本系在大三暑假開設專業實習課程，學生到校外進行實習，增加學習接觸機會。

學生普遍都分不清生物醫學工程學系(簡稱醫工系)與生物科技學系(簡稱生科系)的差異。醫工系是將工程技術應用於醫學相關領域上，包括生醫電子與資訊、生醫材料與組織工程、生物力學與輔具科技……等直接或間接作用於有使用醫學診療設備需求的人；而生科系則是著重於較細微的層面，如基因、蛋白質、醣質、酵素與生化工程的應用與發展。

生物科技產業是本世紀最具前瞻性及發展潛力的產業，學生具有生物科技專業之背景基礎下除可選擇升學研究所外，課程設計有專業實習和就業學程等課程，提供學生多方面發展及多面向的學習，讓他們選擇自己所想走的路，最重要的宗旨是讓學生能夠以自身的知識去探究未知的事物，有這一項能力，相信在各項工作上都能無往不利。

本系畢業學生的出路主要從事醫療相關的工程事務。畢業生從事醫療器材產業、生技暨醫藥產業以及在醫院工作的比例約為2 : 1 : 1。醫學電子領域跟電子系、醫學資訊領域跟資工系、生醫材料領域跟材料系或生科系、生物力學跟機械系有共同相關的課程，本系所學偏向於應用在醫療相關的行業。

生物科技涵蓋範圍相當廣泛，常讓學生不清楚修課方向在那裡?有鑒於此，本系除專業必修外，將選修課分成生醫科技、環境生技與生物檢測及產業接軌三個模組，讓學生清楚自己修習課程並了解未來的就業方向。
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高中生最容易將｢醫工系｣與｢生物科技系」混淆，看到生物醫學工程系系名中的”生物”就以為是生命科學領域的學系。其實本系是以工程理論和技術為基礎，以解決生物、醫學與醫療問題；學習內容包括醫學電子、醫學資訊、生物力學、生醫材料與基礎醫學方面的課程。

生物科技技術與發展一日千里，課程設計得與時俱進，需考量課程的廣度及深度，系上老師因人數與專業不可能包含所有領域，故系上在大三暑假開設「專業實習」課程，學生到校外進行八週實習，增加學生與校外老師及業界接觸機會，藉此可讓學生體驗職場與研究單位工作模式與環境。本系重視學生實驗技能，有多門實驗課程、「專業實習」及「專題研究」課程，畢業生若選擇升學有皆可以進入國立大學研究所深造。

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