本系發展特色條列如下:

　（一）著重「綠色科學」及「奈米科學」人才的培養。

　（二）與地方政府、學校、研究機構與產業界合作共同發展臺東。

　（三）傳承發展科學教育的使命，培養臺東科學教育人才。

　（四）加強學生基礎科學的涵養與實務課程，以強化就業競爭能力。

目標為培育具完整資訊專業訓練且能獨立思考分析之優秀人才，課程設計兼顧硬體結構及軟體應用，理論與實務並重。並配合國家落實技術生根與產業升級政策，培育高級資訊科技人才，落實技術生根與產業升級之目標；重視地方產業發展，強調資訊科技應用與地方產業結合；重視教學品質，強調知行合一，同時培養師生團隊研究精神，提升教學和學習的成效。

物理學是自然科學中最基礎的學科，化學和生物學等科學乃至工程學科如光電、材料、電機等都是建構於基礎物理之上，因此學習物理是相當聰明的選擇，本系應用物理組的畢業學生絕大多數都能進入國內外大學之理工、光電、電機及資訊研究所繼續深造，或至科技產業發揮所學，除了完滿個人成就，對社會與國家建設亦能做出重大貢獻。

資訊工程學是以計算機數學、程式設計為基礎，融合程式設計、組合語言、資料結構、數位邏輯設計、離散數學、計算機網路、線性代數等子領域的一門工程學。

參加科學營與科學競賽

在自主學習課程中，能透過自己發現問題，嘗試解決回答它，將有助於提升自己的觀察力，歸納與融會貫通的能力，同時也能培養動手做的實力；在一般課程中，能透過分組討論的 方式，培養團隊合作的精神。

應用科學系應用物理組更強調基礎物理與生活科學應用的結合，佐以綠色奈米科學，將物理學知識應用於工程學科，包含光電、電子、材料、化工、機械等，讓學生能夠適才適性發展出自己的專長與特色。
本校雖位處偏遠，但本系師資及學習資源並不亞於西部其他相關科系，學生就讀本校，劣勢亦可為優勢，於優美的圖書館與校園環境下，呼吸最乾淨的空氣，成就個人學習興趣與未來專業，是其他大學所沒有的優勢。
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電機系與資工系的差別簡單講就是電機系偏重在硬體，資工系偏重在軟體，當然最後的系統中軟體和硬體是整合在一起的，所以這兩個系對彼此所學的還是要有所涉獵。資工系與資管系的差別簡單講就是資工系偏重在工程，資管系偏重在管理。

高中生最容易誤解物理系畢業後找不到工作，事實上，目前科技職場主要人力皆為碩士學歷，僅有大學學歷已不符合職場需求，因此大學就讀基礎科系，強化自身基礎科學知識，研究所選擇工程學科才是最佳的選擇，物理為工程科學基礎，擁有充實的物理知識，才能應付工程相關研究所創新應變、解決困難的需求。
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資工系學生畢業只能當程式設計師，其實那只是其中一項選擇，其他出路的可能性也頗為多元。例如：資料庫管理師 、系統分析師 、電子商務設計師、數位多媒體設計師 、網路規劃工程師 、通訊軟體工程師、嵌入式多媒體軟體工程師、語音產品開發工程師 、嵌入式軟體研發工程師 、嵌入式韌體工程師 等。

本系課程以物理學為基礎，延伸專業模組課程涵蓋光電、材料、電子、機械、地球科學等領域，讓學生有充分的機會可以選擇自己興趣學科學習，除了畢業後可以報考基礎科學與應用科學等工程類之研究所，也易於找到適合自己未來的工作方向。

一般人容易對資工系的學習內容認為是只有軟體設計部分，此為錯誤觀念。本系的研究領域涵蓋軟體設計與應用、網路通訊與應用、嵌入式系統與應用。

本系分為[應用物理組]和[奈米科學及化學組]，修讀本系可以充分選修兩組間的所有課程，並且部分課程由化學及物理老師共同開課，學生可以很快培養個人對部分學科的興趣，並強化自己的學習目標
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