本系發展特色條列如下:

　（一）著重「綠色科學」及「奈米科學」人才的培養。

　（二）與地方政府、學校、研究機構與產業界合作共同發展臺東。

　（三）傳承發展科學教育的使命，培養臺東科學教育人才。

　（四）加強學生基礎科學的涵養與實務課程，以強化就業競爭能力。

本系並重基礎數理能力訓練及探究實作能力培養。除了嚴謹的理論教學與練習，也鼓勵學生加入實驗室/研究室，透過教授指導專題研究獲取實作經驗。除了各教師獨立研究之外，亦強調系所合作以及實驗與理論的相互支援。本系整合出二個跨領域研究群：【奈米與光電物理研究群】、【理論與計算物理研究群】，提供優秀的跨領域人才學習環境，不論深造或就業皆是理想的選擇。

物理學是自然科學中最基礎的學科，化學和生物學等科學乃至工程學科如光電、材料、電機等都是建構於基礎物理之上，因此學習物理是相當聰明的選擇，本系應用物理組的畢業學生絕大多數都能進入國內外大學之理工、光電、電機及資訊研究所繼續深造，或至科技產業發揮所學，除了完滿個人成就，對社會與國家建設亦能做出重大貢獻。

【物理學】是一門基礎科學，藉由觀察、實驗、模擬等方法，研究自然界各種尺度中的現象，以期建立一套完整自洽、以數學為語言、能正確解釋與預測大自然的理論。「奈米與光電」是尖端應用領域，【基礎要應用來發揮】，【應用要基礎來支持】，期盼學生奠定良好基礎，在尖端領域發揮所學。

參加科學營與科學競賽

無論理論、實驗或計算，都可以透過許多經驗的累積能力。可以平日多透過科普節目(Discovery、國家地理雜誌等)以及科學雜誌、文章接觸深奧的物理概念；多找考物理相關問題(題目)練習思考與計算；透過探究實作相關課程或競賽累積實作經驗。

應用科學系應用物理組更強調基礎物理與生活科學應用的結合，佐以綠色奈米科學，將物理學知識應用於工程學科，包含光電、電子、材料、化工、機械等，讓學生能夠適才適性發展出自己的專長與特色。
本校雖位處偏遠，但本系師資及學習資源並不亞於西部其他相關科系，學生就讀本校，劣勢亦可為優勢，於優美的圖書館與校園環境下，呼吸最乾淨的空氣，成就個人學習興趣與未來專業，是其他大學所沒有的優勢。
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1. 物理學與數學及其他自然科學如化學、生物、地球大氣科學等有許多共同關切的問題，使用的科學方法及邏輯也相當一致；主要的差別在於研究的自然系統及現象的不同。
2. 物理學是許多工程學科的基礎，提供基礎研究訓練以及程式能力。基礎穩固後，有更大的空間學習半導體、光電與材料等領域，更能觸類旁通深入專業領域的核心，獲得具創意的來突破解決問題。

高中生最容易誤解物理系畢業後找不到工作，事實上，目前科技職場主要人力皆為碩士學歷，僅有大學學歷已不符合職場需求，因此大學就讀基礎科系，強化自身基礎科學知識，研究所選擇工程學科才是最佳的選擇，物理為工程科學基礎，擁有充實的物理知識，才能應付工程相關研究所創新應變、解決困難的需求。
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許多高中學生會以為物理「沒有什麼應用」，畢業之後的發展狹窄。其實，物理是許多科學與工程的基礎，本系的訓練讓學生有良好的理論物理與奈米光電相關的應用科學知識，並厚實程式計算、數位應用能力。學生畢業後於台積電、艾司摩爾(ASML)、日月光、聯電、群聯電子、研華科技、台達電、友達光電等科技業就職。

本系課程以物理學為基礎，延伸專業模組課程涵蓋光電、材料、電子、機械、地球科學等領域，讓學生有充分的機會可以選擇自己興趣學科學習，除了畢業後可以報考基礎科學與應用科學等工程類之研究所，也易於找到適合自己未來的工作方向。

1. 因考試領導教學，許多高中同學學習物理學的方式以計算與解題為主，忽略了基本觀念的融會貫通，觀察現象統整結果，以符號、文字論述與解釋物理現象、法則的能力，及動手操作實驗的基本訓練。
2. 物理學以數學為語言；但物理學處理的不是抽象的數字與邏輯而是具體的自然界物理量與規律。

本系分為[應用物理組]和[奈米科學及化學組]，修讀本系可以充分選修兩組間的所有課程，並且部分課程由化學及物理老師共同開課，學生可以很快培養個人對部分學科的興趣，並強化自己的學習目標
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許多同學因精采的科普讀物引發興趣，但缺乏知識積累歷程及對科學工作付出的努力缺乏體會。
本系在課程安排上讓學生在知識上由簡入深累積歷程，進而從專題與實作學習過程中累積經驗獲得能力。

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