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以化學方法訓練學生學習研讀醫藥相關科學的系所，應用化學組偏重應用化學視野研究各項新穎材料的分析與應用，舉凡新穎材料研發合成、食品檢測分析、自然界化學反應成因…等等，都是本系/組研究的方向。本系強調實作，研究風氣盛行，研究成果備受肯定。在2018-2022的Nature Index（自然指數）分析中，本學系在台灣之化學領域排名第5-10名，私立大學之首。

本系創立於民國44年，為創校四系之ㄧ，民國88年將化學系分成化學組及材料化學組，兩組各招收一班，並同時設有碩士班、博士班、碩士在職專班(碩專班)，經六十餘年不斷努力求新，已擁有一流的師資和設備。本系曾獲教育部全國大學--化學學門評鑑第九名，且是私立大學中排名第一。

應用化學組偏重化學視野學習材料及應用與分析領域，學習新穎材料研發合成與分析、食品安全檢測技術的研發、從化學分子微觀角度理解及研究現代科技進展急需解決之道。本系強調實作，研究風氣盛行，研究成果備受肯定。

中原大學化學系，以分子的層級為原點，學習化學反應所牽涉的科學，教師研究方向包含，電池開發、生醫材料、高分子材料、新材料合成及特性研究、生物化學、藥物開發、環境保護、新分析方法開發、有機/無機合成及理論計算等。

1. 數理課堂中了解原理並練習發問。
2. 實驗課程中仔細觀察, 思考並紀錄。

多加觀察日常所接觸到的化學現象，並且關心時事中有關於化學的人事物，保持自己的好奇心。

本系應用化學組比一般大學化學系更著重於訓練學生在新穎材料開發與合成的專業。應用化學組主要是訓練學生從化學眼光思考觸媒材料、分子辨識與釋放、分子影像等應用領域專業知能，旨在培養化學應用領域之專業人才，因化學涵蓋的研究領域極為廣泛，另外也需要更深厚的理論基礎，在學習的過程中則會著重於化學基礎理論的探索。
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化學系與化學工程系差異，化學系注重分子層級的設計與探討，發展理論並且應用於深層化學問題的解決，為各領域研發必要之科學、化學工程系注重生產所需的可行性，例如輸送，反應放熱之處理，偏重大量生產時應用科學的視角。

雖然諾貝爾做炸藥賺了很多錢，不過化學的不是只能做炸藥而已。化學是現代科學的根基，基礎打得好，可應用在各類產業。醫藥暨應用化學系非僅限醫藥相關產業，出路比一般化學系與醫藥相關科系更為寬廣，除生技製藥外，高科技產業研發（如台積電）亦可勝任。
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一般而言，多被認為化學系畢業多半擔任研發工程師而化學工程系則擔任製程工程師，事實上，化學乃所有技術製造業之基礎，擁有基礎後並能學以致用於許多行業上，例如：半導體產業、生技製藥產業、先進與傳統材料產業、電子與顯示器產業、食品產業、醫學、環境檢測業、專利師及化妝品產業等等。

化學是所有科學的根基，換句話說，學化學只要基礎打得好，其實可以應用在所有的產業以及學科上。系上鼓勵學生跨領域學習、積極參與老師研究，為未來生涯累積基礎。
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外界常誤解就讀化學系做實驗有危險性，相反的化學能更了解許多日常生活中化學物質的作用，進而避免或降低發生危險的可能性。再者本系有4位講師，專職大學部實驗課程，著重實驗教學品質及安全，目的是希望同學們養成謹慎的實驗習慣。

本系學生訓練強調實作，研究風氣盛行，研究成果備受肯定。在2018-2022的Nature Index（自然指數）分析中，本學系在台灣之化學領域排名第5名，私立大學之首。本系成立於民國79年，並於89年及93年分別成立碩士班及博士班，迄今超過2000名畢業生，分別在學術界、生技製藥業與高科技行業中嶄露頭角。
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本系特色 :
(1)發展「新型奈米材料之研發」為本系研究特色領域
(2)整合教師研究專長，申請跨領域整合型計畫
(3)本系教師研究與學生專題實作課程及研究生化學技術課程結合。