醫學工程學系係結合醫學、工程科技與基礎科學等知識，應用於疾病的診斷與防治、及醫療器材研發的專門學科。致力於培育具專業智識、前瞻性、國際觀之跨領域科技人才。規劃醫學工程數個領域，每個領域都有專屬實驗課程，培養學生實作及解決問題的能力，期許學生畢業後能應用所學於醫療與科 學工程整合、科技創新、產品研發以促進健康照護、提升醫療照護與生活品質。

本系乃應用高科技工程技術以改善或保護生產、生活及生態環境之專門學科，因此，過去教學研究涵蓋「生物環境工程」、「生態工程與水土資源」及「生物環境系統與資訊」等三大領域。之後為符合教學研究發展需求，將領域進行重整成為兩大面向： 「生態環境規劃」與「水土資源工程」。

醫學工程學系的在於融合生物學、基礎醫學、臨床醫學及工程科學等生物醫學工程知識，以生物醫學問題為導向，涵蓋分子、基因、細胞、乃至於組織等生物醫學範疇以及材料、力學、電子、資訊等工程領域，期使學生兼具生物、醫學及工程知識，及整合的能力，克服生物醫學問題。

生工系為「建構永續環境的工程師」：更進一步脫離傳統以「人」為主的工程思維，往「環境」的評估與規劃發展，嘗試以系統性的工程方法解決問題。

1. 樂於手作，並樂於實踐於生活中
2. 樂於觀察生命和人為本的相關活動
3. 喜歡向內探索自我，包含身體與心理
4. 對於西方醫學或是東方醫學有嚮往，並樂於觀察病徵和及疾病發展歷程
5. 對於各種生命的誕生、經歷、衰老和死亡有照護的熱誠

大學實驗課程除了重視實驗過程之細節外，更重視實驗結果之分析與問題檢討，未必會有標準答案，建議高中同學藉由實驗課程培養驗證科學之精神及問題探討。另本系致力於培育具有分析、創新及解決問題能力，並具備健全品格及關懷社會及生物資源與農業科學之專業科技人才，建議同學除了認真學習高中學業外，亦要時時關注與自身息息相關之各項議題，發現問題，結合本系相關課程及專題研究尋求問題之解答，並學習解決問題之能力，以充實自己。

醫學工程學系屬醫學與工程之跨領域學門，相較於工學領域之化工系、機械系、材料系、土木系、工科海洋系等，本系加重醫學方面的知識；相較於醫學領域之職治系、物治系、醫檢系等，本系則加強工程方面的知識。俾使本系學生都能兼備醫學及工程知識。

生工與生命科學：生工是「工程」，目標是結合工程與生態的概念，因此我們關心的是整體生態系統是否受到影響，在開發同時也能維持永續經營。而生科是「科學」，目標是了解各種生物體的特性與各種生物之間的差異。
生工系與生物工程：生工系主要研究工程對環境的影響，營造永續環境；生物工程則是將數、物、化等學科結合生物學，應用於醫學、食品等等。

醫學工程學系屬醫學與工程之跨領域學門，醫工系揭櫫「工程、科學、醫學」三種學習方向，主要目的是賦與學生更寬闊的學習空間，有別於傳統生醫工程侷限於工程領域的學業發展方向。讓有志於科學與醫學領域的學生在進入醫工系之後仍有機會追尋自己的夢想。

本系課程規畫以畢業後能考取「水利工程」技師以及「水土保持」技師為主，而「建築」相關課程雖在本系有開設永續綠建築、建築環境控制等課程，但本系建築課程之學分並無達到建築師之最低要求。

一般較易誤以為醫學工程學系偏重於生物科系，然本學系屬醫學與工程之跨領域學門，涵蓋領域極為廣泛，包括生醫光電、生醫奈米、生醫電子、生醫材料、生物力學、臨床工程、生醫資訊等領域。相較於其他跨領域學門，生醫工程所跨領域之多樣性可謂所有學門之最，囊括了生物、醫、農、理、工，乃至於語言、文化等。

系名的「生物」是指「生物環境的」（Bioenvironmental），致力於評估營造友善生物環境的工程，主軸仍在工程上。儘管研究重點不在生物上，但我們仍需要相關的基本知識，因此必修課中才要上普通生物學丙學習最基礎的知識、生態學則教會我們生物與環境之間的關係。

醫工系屬醫學及工程跨領域之工程學門，有別於傳統獨尊生醫電子、生醫材料、生物力學、生醫資訊等專業領域的規劃方式，醫工系採不分組，每個學生自大一起組成自己的指導教授委員會，其中至少包含一位生物醫學與一位理工之教授。此委員會自大一起，一方面輔導該學生課業學習，一方面引導學生發現自己在多樣性生醫工程領域的興趣，並根據其興趣建議學生選修的課程於學業發展的方向。

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