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藥學系以「培育優良藥師、力行創新研究、服務社會人群、及奉獻領導藥界」為中心思想，將創系系主任孫雲燾教授所說「藥能壽世，學以惠民；十年樹木，百年樹人。藥學教育濟世惠民，任重道遠。」作為座右銘。

因應社會快速變化，北醫藥學系藥學組為四年制，精實之四年課程導入創新教學方法與模擬、實作機會，以培育藥學領域所需之各種人才，畢業後藥師國考通過率歷年均超過全國平均，對於後續準備深造博士或培養跨領域專長之學生能達到最佳效益。本學系在新藥研發尤其有極優異之師資團隊，能即早在大學期間啟發學生潛能進行大分子、小分子、天然產物之新藥研發、劑型設計、藥物基因體及蛋白質體學等之研究量能。

藥學系指與藥物相關的科學領域，包括新藥的研發、藥品的製造與品質管制、調劑與臨床藥學、藥事行政與法規以及藥物經濟等。

藥學系藥學組係有關藥品研發、藥事照護及管理之學科。培育藥師及新藥研發人才，保證國人用藥的療效及安全，提昇國民健康。

本系部份課程如調劑學暨臨床藥學等，必須具備色彩觀察及辨識能力。
部分課程以小組討論進行，宣具有人際互動、溝通協調之能力。
部分臨床課程須久站以照顧病人、具備抗壓能力、與醫療團隊溝通、建立醫病關係等，必需具備適當之視覺、聽覺、口語表達、溝通以及個人安全維護的能力。

一、培養自主學習、強化生物及化學學科能力。
二、探索與了解藥學相關之職涯興趣及所需能力、工作內容。
三、除中文能力的理解表達能力外，須培養英文能力、練習以口語或文字表達個人觀點，並能與他人進行溝通與討論。

藥學系為唯一畢業後具有參加藥師執照考試資格的學系。 藥理學或是生物藥學系的學習內容則是以生物醫學相關科目為主，畢業後不能報考藥師執照考試，亦無新藥研發與藥品製造的相關專業科目。

全世界僅有藥學系畢業的學生可考藥師執照，其他科系，例如:化學、生物科技、醫學等，均不具有藥師國考資格。在新藥研發、藥廠藥業及醫療機構中，都有極大需求聘用具有執照之藥師來執業。

臺大藥學系為唯一畢業後，具有參加藥師執照考試資格的學系。
藥學系畢業生的出路不限於醫院或社區藥局，生涯發展的範圍遍及產官學研各領域，具有最多元最寬廣的發展空間；相較醫學院其他科系，畢業生的主要工作地點為醫療機構。

四年制藥學組課程精實，畢業學分數156學分，學生需以積極態度加速學習。本系鼓勵四年制學生畢業後進入研究所訓練，可在藥廠或生技醫藥擔任臨床試驗藥師、新藥劑型設計、藥廠策略發展等工作。畢業學生經博士訓練後，亦有大量進入大學從事教學及研究，同時博士畢業生亦有進入政府機構或業界；有相當多元的生涯發展方向。

除了參加藥師執照考試資格的相關課程外，臺大藥學系的學習內容同時包括完整的新藥研發、藥品製造與品管、藥事行政與法規以及藥物經濟等課程，亦即涵蓋醫院、產官學研各方面的藥學知識。

課程中以藥物科學、臨床藥學專業科目為主，主要鏈結高中化學與生物課程，物理與數學運用較少。藥學系與化工、材料等以化學為重心專業的科系不同，著重有機化學及後續於藥物化學之應用，較非基礎化學原理探究。四年制畢業生有高比例為執業藥師，身為醫療人員，生物與生理、病理、藥理、藥物治療方面的知識為不可或缺之一環。

臺大藥學系領先全國藥學系，提供六年的藥學教育，接軌美國Pharm.D.學位，課程設計鼓勵多元化的加深發展，學生可依據性向增加選修：一、醫院/社區臨床藥學；二、藥學研究；三、藥廠/藥商；四、藥政管理，以銜接未來個人之中長程生涯發展規劃。

1、藥學系藥學組為四年制。2、本系有最新建置之模擬藥廠，提供學生最直接之新藥研發基礎探究。3、本系師資充足，除國內外傑出之教師，並有北醫大三家附屬醫院之專科藥師群進行臨床藥學授課與實習。4、擁有3家附屬醫院(北醫大附設醫院、萬芳醫院、雙和醫院)及全台20多家教學合作醫院做為藥學實習場域。5、鼓勵學生出國交流，並開放國際藥學生於寒暑期來本系實習與交流。6、具有龐大的系友資源，可建立未來社會人脈。