本系現有大學部及研究所（包含系統生物與生物資訊碩博士班、生物醫學工程碩博士班，及跨領域轉譯醫學博士班）。
因應當前社會需求及生物科技與醫療照護產業的發展趨勢，以培育生醫產業跨領域人才為目標，並基於「破壞性創新」的概念，營造整合基礎研究、技術研發，與產學合作的教學研究環境。

「生物醫學工程」為橫跨「醫學」與「工程」兩大基礎領域，長庚大學同時擁有工學院、醫學院及可配合教學的長庚醫院及師資提供臨床實務教學場域，為此學系的最佳選擇。而同屬台塑集團的台塑生醫及長庚醫學科技公司，也可提供學生產業實習場域及針對醫材產業發展人才培育給予課程建議。在中華工程教育學會「國際工程教育認證」規範下，以「臨床與產業並重」課程設計，培育新世代智慧醫療器材醫工師為長庚醫工的特色。

本系：生醫科學與工程學系，旨於培育學生成為生物醫學、生物科學、生醫工程，以及生醫技術之跨領域多元人才。
企望學生得以在醫學、科學以及工程三方面互惠研究平台上，成為我國與全球生物技術跨領域整合、發揮與推廣之特徵代表人物。

生物醫學工程是工程技術和醫學科學多學科交叉的跨領域學門，運用現代科學及工程技術之理論和方法，研究新材料、新技術、新儀器設備等，用於預防疾病、治療疾病、健康促進，進而提高生活品質及醫療水準的學科。

本系著重各項科學(含基礎科學、人文科學或社會科學等)跨領域知識與技術之整合，學生們需熟稔專精於高中程度不同領域的各種科學知識(但毋貪多，精熟方為要領)，爾後嘗試將其融會貫通、截長補短進行整合，並且有明確的實踐場域或對象。
例如將人文科學與人工智慧結合，因此產生具備分析詩句能力的AI方法；或是將音樂素養與人工智慧相結合，因此產生可分析樂曲風格的AI方法；抑或是將物理學與人工智慧相結合，因此產生可把物理運動視覺化的成果等。
針對各領域知識，學生必須具備對其之解析與演繹能力，並且能親手實踐操作、規劃實驗架構、產生有意義成果。以上範例僅供參考，本系期待學生能將科學創意與想像空間發揮至極致。

對數理與生物學科並重，具溝通及領導特質、喜好創意與實作的跨領域學生：
(1)對於數理與生物等自然學科的課程學習；
(2)申請本學系動機和願景
(3)人格特質或興趣與本學系相符之處
(4)相關競賽成果或其他榮譽與自主多元學習作品
(5)各項成果提供與說明自己貢獻比例與心得

本系課程模組涵蓋資料科學、分子與基因體醫學、腦與心智科學、生醫電子、以及材料科學，因此能在適才適所前提下提供學子們跨領域之整合生醫科學與工程培育處方。簡言之，本系特色教學綜合以系統生物的技術方法研究生醫問題、將科學工程原理與技術運用於醫事操作，以及臨床醫學導向的轉譯醫學研究等方面，落實資源整合並強化針對產業需求的基礎研發能量。

「生物醫學工程」為跨「醫學」與「工程」兩領域，因此有工學院，醫學院及可配合教學的醫院為就讀此學系的最佳選擇。長庚大學有工學院及醫學院，長庚醫院一直以來為長庚大學的臨床教學場域，可提供相對豐富的實務臨床教學。台塑集團的台塑生醫及長庚醫學科技公司，也可提供學生產業實習場域及針對產業發展人才培育給予適時建議。從智能傳授到臨床實習到產業製銷，長庚大學醫工系具備可提供學生醫療器材一完整生命週期的訓練。

本系出路與生涯發展明確，將朝生物醫學科學與技術開發前進。

並非【工不工，醫不醫】，而是可工可醫。可以藉由專業學程選修課程，再進一步特別強化工程技術能力或生物醫學知識。

本系教學之電子電路設計其他電子電機類學系所教授之最大不同在於：本系課程著重於生理訊號分析所需之電子電路架構與演算法設計，如應用於生理腦電訊號(EEG)以及心電波訊號(ECG)、人體慣性感測訊號等。本課程將依循相關法規來擬訂設計方針。

以工程技術為基礎跨足生命科學研究，仍以工程領域為主並非醫學。以應用工程科學學理知識及技術，解決目前醫療上所遭遇的問題，以增進對健康福祉的需求或對生理系統運作有更進一步的認識。生理、解剖等課程為簡易版主要為了解生理結構與訊號物理意義，並非如醫學院以診斷及治療為主。

本系除傳統生物醫學技術，亦納入資料科學以協助架構下一新世代對於大數據在生醫領域應用之基石。

從工程的角度來看「聽診器」是生理訊號放大的儀器；「隱形眼鏡」材料要柔軟性，高含水、透氧又不傷眼睛且透明。每個診斷及醫護行為的背後，都有工程人才著墨的痕跡。醫工人，則是工學與醫學的橋樑溝通師。長庚醫工除一般課程外，主要特色為結合企業資源，由長庚醫院醫師引領至醫院見習，介紹醫療器材在各科別的應用情形與期望改進效能之處，更能體會醫工人的重要性；至台塑醫材相關事業體實地見習，可瞭解產業現狀及所需具備技能。

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