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本系的學術與專業技能訓練是以機電工程為基礎，結合巨觀或微型加工、電子控制、資訊、機電整合、感測
器、微流體控制與自動化等工程技術為主，輔以農業、生物與醫學知識，以應用於動物、植物、微生物乃至
於人體健康之相關生技產業上。因此，本系教學目標為培養國家社會發展生物產業所需之跨領域工程人才，
以「機電工程為核心，生物產業為利用」為人才培育之目的。

隨著人工智慧(AI)、機器學習相關技術逐步進入到各個產業，進一步讓工業4.0旨在打造的自動化工廠，更加的智慧化，也促進所謂的「智慧機械」得以進一步實現。機電工程學系之教學與研究目標在於培養學生成為符合產業應用與科技發展趨勢之人才，培育學生具先進的智慧機械、機器視覺、控制、人工智慧、半導體技術、積體電路、電子、光電與系統整合所需之必要知識與技術，建立智慧光機電系統設計與整合能力。

生物產業機電工程學系是結合機械、電機、資訊、機電整合及各種工程科技之跨領域與整合性的工程科學，並以應用於生物產業(傳統農業與新興生物科技)發展所需之工程科技為學習導向。本系以『機電工程為核心，生物產業為利用』為發展目標。

機電工程是以人工智慧、機電整合、自動化工程、精密量測與半導體等方向規劃，亦即整合電子、資訊、電腦、電機、光電及控制等科技，應用於電子電機與機械整合領域。研究發展涵蓋了前瞻的智慧型機器人、光電技術、機器視覺運算與分析、奈米科技、智慧製造、微機電技術等等。

在閱讀各個基礎學科與知識時，除了基礎的原理外，需要更深究其應用面，如何應用這些基礎知識解決生物產業的問題，此外，因為學科內容豐富且具一定廣度，因為需要具備歸納與融會貫通的能力，可以透過參加科學專題來加強這項能力，透過自己發現問題，嘗試解決回答它，將有助於提升自己的觀察力，歸納與融會貫通的能力，同時也能培養動手做的實力，此外需要提升英文的聽說讀寫能力，以降低未來在面臨英文授課時的壓力。

1. 高中生的修課紀錄，呈現選課具有數理、生活科技的方向一致，探索對於工程之興趣。例如: 自然領域的加深加廣選修課程包括力學、光學、電磁學等。
2. 修課提升自我對於未來在工程發展所需具有之基礎數理能力以及工程理論與實務之能力。

本系教育目標更著重在實作與工程學科知識的整合，相較於機械系、電機系或資訊系等工程科系，更兼具能與生物技術領域專家溝通之基礎知識。學習課程內容方向與醫學工程系、生物工程系有部分相同，但本系的應用場域並不局限於人體醫學，而是以傳統生物產業與新興生物技術領域為應用標的。

機電工程源自於工業自動化的基礎技術，這門新興的學域與技術是我國邁向二十一世紀科技發展的重點高科技工業。 有別於其他工程類科，機電工程以『自動控制』理論為基礎，以『智慧控制』技術為方法，來整合機械、光電、電機、電子、微電子、材料的整合性技術，完成自動控制目的而發展出的一種系統化工程技術。

生物產業機電工程學系雖源自農業機械工程學系，再增加機電整合與生物產業化的訓練，讓學生更易進行跨領域學習，能擁有更多行業選擇的條件。

機電工程學系為隸屬於工學院的工程類科學系，非以師資培育為主。學習以自動控制、機械設計、光機電整合等必修專業課程外，亦修習了人工智慧、機械視覺、機器人、與微機電等先進科技之選修課程。畢業生生涯發展以高科技產業之機電整合工程師、自動化工程師、半導體製程工程師、光機設計工程師等為主。

本系學習內容包含學習機械設備設計與實作加工、學習機電系統整合與控制與生物技術產業化相關基礎知識。由於具有機電整合控制與生物技術產業化相關知識的學習，讓生機系與機械系很不同。也因應用對象在生物產業(如動物科學、經濟作物、微生物、新興生物技術等)，與醫工系不同。

機電系培育學生於自動控制、精密機械、光機電工程等經典之機電專業外，機器學習、機械手臂、智慧機械、半導體與材料分析是有別於其他有工程科系所特別專長。機電系亦修習了人工智慧、電子電路、自動控制、半導體與微機電等電機工程科系之基礎課程，對於未來升學及就業高科技產業更為紮實。

學生除了在力學、電學與生物學相關課程的訓練外，在大學階段需選擇【設備設計與實作】、【系統整合與控制】、【生物技術與產業應用】等學群的相關課程。

1. 本系的教育目標著重於強化光機電領域所需之專業專才，以及重點特色於智慧機械與精密機械等工程實務。
2.機電系以機電專業能力培育與工程實務與專業能力並重為兩大重點，進而提升機電獨立研究、科技創新、問題分析及設計與執行之能力，並培育具有科技論文閱讀、口語簡報、論文撰寫與發表、智慧財產權及國際視野之能力。