本系現有大學部及研究所（包含系統生物與生物資訊碩博士班、生物醫學工程碩博士班，及跨領域轉譯醫學博士班）。
因應當前社會需求及生物科技與醫療照護產業的發展趨勢，以培育生醫產業跨領域人才為目標，並基於「破壞性創新」的概念，營造整合基礎研究、技術研發，與產學合作的教學研究環境。

生物醫學工程研究範圍極為廣泛，除基礎工程專業課程學習外，更特別著重實驗課程，在大學部即可享有與醫工所研究生一同使用頂級研究實驗設備的機會，提供與其他工程科系不一樣的養成教育。另外，由於本系設在於工學院下，為使學生對醫學領域有更進一步的瞭解，尤其是醫院的臨床工作，本系課程中至成大醫學中心見習與合作，讓學生能確實瞭解實際臨床醫學的運作。

本系：生醫科學與工程學系，旨於培育學生成為生物醫學、生物科學、生醫工程，以及生醫技術之跨領域多元人才。
企望學生得以在醫學、科學以及工程三方面互惠研究平台上，成為我國與全球生物技術跨領域整合、發揮與推廣之特徵代表人物。

生物醫學工程系(簡稱醫工系)，廣義而言，即是將工程技術應用於生物學與醫學上，發展延伸出更新的技術與設備，以造福廣大的人群；醫工的領域為整合物理、化學、數學、生物醫學科技與臨床應用而形成的一項跨領域工程科學。

本系著重各項科學(含基礎科學、人文科學或社會科學等)跨領域知識與技術之整合，學生們需熟稔專精於高中程度不同領域的各種科學知識(但毋貪多，精熟方為要領)，爾後嘗試將其融會貫通、截長補短進行整合，並且有明確的實踐場域或對象。
例如將人文科學與人工智慧結合，因此產生具備分析詩句能力的AI方法；或是將音樂素養與人工智慧相結合，因此產生可分析樂曲風格的AI方法；抑或是將物理學與人工智慧相結合，因此產生可把物理運動視覺化的成果等。
針對各領域知識，學生必須具備對其之解析與演繹能力，並且能親手實踐操作、規劃實驗架構、產生有意義成果。以上範例僅供參考，本系期待學生能將科學創意與想像空間發揮至極致。

在閱讀各個學科與知識時，除了基礎原理外，也需要探索其應用面，以了解如何應用基礎知識在解決實際問題或治療疾病
需要具備歸納與融會貫通的能力，可以透過和同學交流、撰寫科學短文或實驗報告加強此能力
英文的聽說讀寫能力亦需要強化，可藉由長期閱讀英文書籍、英文影片、聆聽podcast逐漸深化

本系課程模組涵蓋資料科學、分子與基因體醫學、腦與心智科學、生醫電子、以及材料科學，因此能在適才適所前提下提供學子們跨領域之整合生醫科學與工程培育處方。簡言之，本系特色教學綜合以系統生物的技術方法研究生醫問題、將科學工程原理與技術運用於醫事操作，以及臨床醫學導向的轉譯醫學研究等方面，落實資源整合並強化針對產業需求的基礎研發能量。

醫工系與生科及醫學相關科系的差異在於其更注重工程技術原理的學習，如電子、電機、機械、材料、化學等工程專業，應用於創造生物醫學技術的突破與革新。醫學工程是成就醫學領域的重要推手，沒有醫學工程的後盾，便無法實現醫學普及的目標。

本系出路與生涯發展明確，將朝生物醫學科學與技術開發前進。

醫工系的畢業出路常與醫師、檢驗師、治療師等混淆。因多元專業的緣故，超過半數的學生畢業後會繼續進入研究所進修，而出路也較傳統科系更為寬廣，如醫療器材工程師、醫用軟體發展工程師或生醫專利工程師等。

本系教學之電子電路設計其他電子電機類學系所教授之最大不同在於：本系課程著重於生理訊號分析所需之電子電路架構與演算法設計，如應用於生理腦電訊號(EEG)以及心電波訊號(ECG)、人體慣性感測訊號等。本課程將依循相關法規來擬訂設計方針。

醫工系常與醫學系、生科系、生物醫學等學系混淆。成大醫工系隸屬工學院，著重扎實的工程思維與訓練，幫助學生在專業涵養上護得特定領域的培育，應用於解決生物醫學及臨床的議題，如生醫材料、生醫機械、生醫電子等。

本系除傳統生物醫學技術，亦納入資料科學以協助架構下一新世代對於大數據在生醫領域應用之基石。

台灣高階產業目前正處於轉型階段，建康照護產業在高齡化社會，需求持續增高，以台灣現有工業基礎，醫工系培養的跨領域專業人才，正如同三十年前台灣半導體產業起飛階段，正可帶領台灣迎接下一世代的產業挑戰。

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